ประวัติศาสตร์พระศาสนจักรคาทอลิกไทย (ฉบับย่อ)

คุณพ่อสุรชัย  ชุ่มศรีพันธุ์
 
คำนำ
 
          ประวัติศาสตร์พระศาสนจักรคาทอลิกไทยฉบับนี้เป็นฉบับย่อ เขียนขึ้นจากงานเขียนที่ทำไว้ก่อนแล้ว มีเนื้อหาเพิ่มเติมมากขึ้นเล็กน้อย การที่นำเอาประวัติศาสตร์นี้มาลงในหนังสืออนุสรณ์ความสัมพันธ์ทางการทูตระหว่างประเทศไทย และนครรัฐวาติกันครบรอบ 25 ปีนี้ ก็เพื่อเป็นแนวทางในการทำความเข้าใจเรื่องราวและเหตุการณ์ต่างๆ ที่เกิดขึ้น เป็นเหมือนกับภูมิหลังทางประวัติศาสตร์
        การศึกษาประวัติศาสตร์พระศาสนจักรคาทอลิกไทยของเรายังไม่สมบูรณ์ มีอีกหลายเรื่องหลายประเด็นที่ยังคงเปิดกว้างให้ทำการศึกษากันต่อไปได้ เวลาเดียวกันการศึกษาที่ผ่านมาแล้วนี้ ก็ยังอาจจะมีอีกบางประเด็นที่จำเป็นต้องได้รับการแก้ไขและเพิ่มเติม งานเขียนนี้จึงเปิดกว้างรับความคิดเห็น รวมทั้งรับข้อมูลเพิ่มเติมซึ่งอาจจะมีจากบรรดาผู้รู้หลายๆ ท่าน
ข้อมูลบางอย่างในบทความนี้เป็นข้อมูลที่ยอมรับกันแล้ว ผู้เขียนก็จะไม่อ้างอิงไว้ที่นี้  แต่จะอ้างอิงเฉพาะเท่าที่เห็นว่าเหมาะสมเท่านั้น ทั้งนี้เพื่อมิให้เนื้อหามากจนเกินไป
 
1. การเข้ามาครั้งแรกของคำสอนคริสตัง
         นักประวัติศาสตร์ชาวซีเรียและอาหรับ   ซึ่งศึกษาถึงเส้นทางการค้าที่เชื่อมโยงระหว่างเอเชียตะวันตกและเอเชียตะวันออก ไม่ว่าจะเป็นทางบกหรือทางทะเล ได้ให้ข้อมูลที่น่าสนใจว่า พระชาวอียิปต์รูปหนึ่งชื่อ คอสมา (Cosmas)   พบรายงานต่างๆ ซึ่งเขียนขึ้นระหว่างปี ค.ศ.520-525 ว่า   มีกลุ่ม คริสตชนในเอเชียอาคเนย์ โดยรวมถึงอินเดีย ศรีลังกา พม่าทางใต้ โคชินจีน สยามและตังเกี๋ย 
        นักประวัติศาสตร์อีกผู้หนึ่งชื่อ คอลเลส (Colles) ได้กล่าวว่า ลูโดวิโก ดิ วารทิมา (Ludovico di Varthima) ชาวโบโลญ ได้เดินทางเข้ามาในเอเชียอาคเนย์ในปี ค.ศ.1503 หรือ ค.ศ.1504
        บอกว่าเขาได้พบกับพ่อค้าชาวเนสตอเรียนที่มาจากอยุธยาในเบงกอล  เนสเตอเรียนเป็นคริสตชนแบบหนึ่งซึ่งมีข้อคำสอนบางข้อที่ฝ่ายคาทอลิกไม่ยอมรับ อย่างไรก็ตามในความเชื่อถึงพระเยซูคริสตเจ้านั้นมีเหมือนกัน ถือเป็นคริสตชนกลุ่มหนึ่ง เป็นอันว่าข้อมูลเบื้องต้นนี้เราอาจสรุปได้ว่า มีความเป็นไปได้ว่าพวกเนสตอเรียนจะเข้ามาในดินแดนสยามตั้งแต่ศตวรรษที่ 6 หรือไม่ก็ราวๆ ศตวรรษที่ 13 แล้ว และต่อมาก็ไม่ปรากฏร่องรอยของพวกเขาอีกเลย
        เป็นที่ยอมรับกันว่าคริสตศาสนานั้นเข้ามาในแผ่นดินสยามพร้อมๆ กับการเข้ามาของฝรั่งชาติแรกคือโปรตุเกส นับตั้งแต่อาโฟโซ ดาลบูเคอร์ก (Alfoso d'Albouquerque) ยึดมะละกาได้ในปี ค.ศ.1511 และได้ส่งทูตเข้ามาเจริญสัมพันธไมตรีกับกษัตริย์สยามในสมัยพระบาทสมเด็จพระรามาธิบดีที่ 2 นับตั้งแต่นั้นมาชาวโปรตุเกสได้รับราชการอยู่ในแผ่นดินสยามและมีกลุ่มชาวโปรตุเกสอาศัยอยู่ในแผ่นดินสยามด้วย ชาวโปรตุเกสนั้นนับถือศาสนาคริสต์ ดังนั้นจึงมีความเป็นไปได้อย่างมาก ที่จะมีมิชชันนารีติดตามกลุ่มคริสตชนเข้ามาทำหน้าที่อภิบาลในท่ามกลางชาวโปรตุเกส แต่ก็ยังไม่พบหลักฐานใดๆ ยืนยันถึงเรื่องนี้
        อาจารย์บุญยก ตามไท ได้เขียนไว้ในวารสารศิลปวัฒนธรรม ปีที่ 5 ฉบับที่ 9 เกี่ยวกับเรื่องการเข้ามาของชาวโปรตุเกสในประเทศสยามไว้อย่างน่าสนใจ มีข้อความตอนหนึ่งกล่าวว่า "มีเกล็ดประวัติศาสตร์บันทึกโดยฝรั่งว่า เมื่อปี พ.ศ.2087 (1544) อันโตนิโอ เด ปายวา (Antonio de Paiva) ชาวโปรตุเกสได้เดินทางเข้ามากรุงศรีอยุธยาในแผ่นดินสมเด็จพระชัยราชาธิราช และมีโอกาสได้เข้าเฝ้าและสนทนาเรื่องราวเกี่ยวกับคริสตศาสนากับพระองค์จนเลื่อมใส และพระองค์ทรงได้รับพิธี Baptise  (พิธีล้างบาป)  ได้รับพระราชทินนามเป็นภาษาโปรตุเกสว่า Dom Joao ซึ่งนับเป็นเหตุการณ์พิเศษอย่างยิ่ง"
        เรื่องนี้แม้จะไม่มีใครสามารถรับรองได้ว่าเป็นความจริงด้วยเหตุผลบางประการ แต่หากว่าเราติดตามเรื่องนี้ให้ดีก็น่าคิดอยู่เหมือนกัน เพราะว่าหนังสือประวัติศาสตร์ไทยบางฉบับได้วงเล็บการสิ้นพระชนม์ของพระชัยราชาว่า ถูกลอบวางยาพิษสิ้นพระชนม์
        นอกจากนี้ในหนังสือ Documenta Indica ซึ่งมีอยู่ 2 เล่ม    รวมทั้งนักศึกษาที่เป็นชาวยุโรปบางท่าน ได้ให้หลักฐานที่บอกไว้อย่างชัดเจนว่า คนที่ชื่อ อันโตนิโอ เด ปายวา ได้โปรดศีลล้างบาปให้กษัตริย์ไทย  ตั้งชื่อให้ด้วยว่า Dom Joao  หรือนักบุญยวงที่เราเรียกกัน เราคงตามเรื่องนี้ต่อไปมากกว่านี้ไม่ได้แล้ว
       ต่อมาประเทศสยามเกือบจะได้รับเกียรติจากท่านนักบุญฟรังซิส เซเวียร์ เมื่อท่านได้เขียนจดหมาย 4 ฉบับ ถึงเพื่อนของท่านที่มะละกา ในปี ค.ศ.1552 ท่านได้เขียนจดหมายแสดงเจตจำนงว่าท่านปรารถนาจะเดินทางมาที่ประเทศสยาม เพื่อร่วมเดินทางไปกับเรือสินค้าของประเทศสยามเข้าสู่ประเทศจีน แต่ที่สุดแล้วท่านก็ไม่ได้มาเพราะท่านเสียชีวิตในวันที่ 3 ธันวาคม ค.ศ.1552 นั้นเอง แม้ว่านักบุญฟรังซิส เซเวียร์ จะไม่ได้เดินทางเข้ามาถึงกรุงศรีอยุธยาโดยตรง แต่เซอร์ จอห์น เบาวริ่ง ได้กล่าวไว้ในหนังสือของเขาที่เขียนเกี่ยวกับอาณาจักรและประชาชนชาวสยามว่า ผู้ที่ได้รับเกียรติเป็นผู้สอนศาสนาคริสต์ในประเทศสยามเป็นคนแรก ได้แก่ ท่านนักบุญฟรังซิสเซเวียร์  ผู้ซึ่งได้ประกาศศาสนาในมะละกา และสิงคโปร์ ซึ่งในเวลานั้นเป็นประเทศราชของประเทศสยาม  ประโยชน์ประการหนึ่งที่เราได้รับจากการศึกษาจดหมายทั้ง 4 ฉบับนั้นคือ ทำให้เราทราบว่าคำว่า สยาม นั้น พวกโปรตุเกสใช้เรียกแผ่นดินของเราก่อนปี ค.ศ.1592 ตามที่ประวัติศาสตร์กล่าวไว้
         หลักฐานที่เราพบแน่ชัดชี้ให้เห็นว่า คณะมิชชันนารีคณะแรกที่เข้ามาเมืองไทยนั้น ได้แก่ มิชชันนารีคณะโดมินิกัน  2  ท่าน  คือ  คุณพ่อเยโรนิโม ดา ครู้ส   (Jeronimo da Cruz)  และคุณพ่อเซบาสติอาว ดา กันโต (Sebastiao da canto) ชื่อของท่านทั้งสองนี้ไม่มีข้อสงสัยอะไร เพราะจากหนังสือต่างๆ ได้ให้ชื่อนี้ไว้ตรงกัน แต่ปีที่ท่านทั้งสองเข้ามาถึงกรุงศรีอยุธยานั้นมีข้อสงสัยกันอยู่ว่าเป็นปีใดแน่ หนังสือต่างๆ หลายเล่มเขียนไว้ว่าเป็นปี ค.ศ.1555 ผู้เขียนพยายามหาหลักฐานเรื่องนี้ให้ชัดเจนขึ้นโดยติดตามข้อเสนอของคุณพ่อร็อคโก (Rocco) ที่เขียนลงในวารสารแสงธรรม ปีที่ 1 ฉบับที่ 1 บอกว่า ปีที่มิชชันนารีทั้งสองเข้ามาเมืองไทยนั้นได้แก่ปี ค.ศ.1567 เอกสารของคณะโดมินิกันที่ผู้เขียนได้ไปค้นคว้ามา ได้พูดไว้อย่างชัดเจนว่าเป็นปี ค.ศ.1567    รวมทั้งประวัติของคณะโดมินิกันที่พูดถึงเรื่องนี้ก็ได้ระบุปีไว้ว่า เป็นปี  ค.ศ.1567   จึงไม่น่าที่จะสงสัยกันอีกต่อไปว่าปีที่ท่านทั้งสองเข้ามาในประเทศสยามนั้นเป็นปี ค.ศ.1567 นี้เอง   นอกจากนี้ประวัติเรื่องราวของท่านทั้งสองยังสอดคล้องกับปีที่กล่าวมานี้อีกด้วย คุณพ่อเยโรนิโมถูกฆ่าตายเพราะความอิจฉาของกลุ่มคนบางกลุ่ม ในขณะที่คุณพ่อเซบาสตีอาวถูกทำร้ายบาดเจ็บ แต่คุณพ่อได้ทูลขอพระกรุณาจากพระมหากษัตริย์ให้ยกโทษผู้กระทำผิดต่อท่าน ทั้งยังได้ทูลขอพระบรมราชานุญาตให้นำเอามิชชันนารีมาเพิ่มเติม ซึ่งในที่สุดก็มีมิชชันนารีใหม่อีก 2 ท่าน เดินทางเข้ามาในประเทศสยาม พม่าบุกเข้าทำลายกรุงศรีอยุธยาครั้งแรกในปี ค.ศ.1569 ซึ่งจากหลักฐานของ ดา ซิลวา (Da Silva) บอกว่าคุณพ่อทั้งสามได้ถูกพม่าฆ่าตายขณะที่กำลังสวดภาวนาพร้อมกันในวัดของท่าน 
          ดังนั้นปีที่เราน่าจะถือว่าเป็นปีทางการที่คำสอนคริสตังเข้ามาในประเทศสยาม น่าจะเป็นปี ค.ศ.1567 หลังจากนี้มิชชันนารีคณะโดมินิกันและคณะฟรังซิสกันก็ทยอยกันเข้ามาในประเทศ สยามเป็นระยะๆ มีทิ้งช่วงอยู่บ้างหลายตอน คณะฟรังซิสกันเริ่มเข้ามาครั้งแรกในปี ค.ศ.1582 ปีนี้ก็เช่นกันแต่เดิมเราเชื่อกันว่าคณะฟรังซิสกันเข้ามาในประเทศสยามครั้งแรกปี ค.ศ.1585 แต่จากหลักฐานที่เขียนขึ้นโดยคณะฟรังซิสกันเอง ซึ่งเขียนขึ้นจากเอกสารของคณะ ระบุว่าปีที่เข้ามานั้นเป็นปี ค.ศ.1582 
        เนื่องจากยังไม่มีผู้ใดศึกษาอย่างละเอียดเกี่ยวกับการแพร่ธรรมของมิชชันนารี ทั้งของคณะโดมินิกันและคณะฟรังซิสกันในประเทศสยาม หลักฐานของคณะเองจึงเป็นหลักฐานที่น่าเชื่อถือมากที่สุด ปีสุดท้ายที่เราพบมิชชันนารีคณะฟรังซิสกันในประเทศสยามก็คือปี ค.ศ.1755 มิชชันนารีที่เข้ามาในประเทศสยามอีกคณะหนึ่ง ได้แก่ คณะสงฆ์เยสุอิต ซึ่งกำลังทำงานแพร่ธรรมอยู่ในภูมิภาคต่างๆ ของโลกอย่างขยันขันแข็งและได้ผลดียิ่ง จนมีชื่อเสียงไปทั่วโลก คุณพ่อองค์แรกที่เข้ามาในประเทศสยาม ได้แก่ คุณพ่อบัลทาซาร์ เซเกอีรา (Balthasar Segueira) ซึ่งเข้ามาถึงกรุงศรีอยุธยาระหว่างวันที่ 19-26 มีนาคม 1607 
          ต่อมาก็ค่อยๆ มีพระสงฆ์เยสุอิตทยอยกันเข้ามาเรื่อยๆ จนในที่สุดได้มีการจัดสร้างที่อยู่อย่างถาวร วัด โรงเรียน และวิทยาลัยซึ่งมีชื่อว่า ซาน ซัลวาดอร์ (San Salvador) ขึ้นในประเทศสยาม โดยส่วนใหญ่พวกมิชชันนารีคณะเยสุอิตนี้จะทำงานกับชาวญี่ปุ่น ที่มีค่ายของตนอยู่ในกรุงศรีอยุธยาเช่นเดียวกับชนชาติอื่นๆ ในสมัยนั้นงานแพร่ธรรมของพวกท่านได้ถูกบันทึกโดยพวกมิชชันนารี และมีการจัดพิมพ์เป็นหนังสือขึ้นมาหลายเล่ม น่าสนใจมาก แต่งานแพร่ธรรมก็มีอุปสรรคอยู่เสมอ และเนื่องจากพวกพระสงฆ์เยสุอิตมีบทบาทสำคัญอยู่ทั่วไปในขณะนั้น อุปสรรคจึงดูเหมือนว่ามีมากขึ้นเรื่อยๆ หลังจากที่กรุงศรีอยุธยาเสียแก่พม่าครั้งที่สองในปี ค.ศ.1767 แล้ว พวกมิชชันนารีต่างๆ เหล่านี้ก็ขาดระยะการทำงานไป 
 
2. จุดเริ่มต้นของพระศาสนจักรในเมืองไทย
          มีเหตุผลบางประการ ที่ทำให้ต้องแยกเรื่องราวนี้ออกจากการเข้ามาครั้งแรกของคำสอนคริสตังในประเทศสยาม นั่นคือการเข้ามาของมิชชันนารีที่กล่าวถึงข้างต้นนั้น มีจุดมุ่งหมายที่จะเข้ามาอภิบาลชนชาติของตนเองที่อยู่ในประเทศสยาม ทั้งการเข้ามาก็ขาดระยะ ไม่ต่อเนื่อง จุดมุ่งหมายหลักของพวกนี้จึงเป็นแค่เพียงให้ประเทศสยามเป็นทางผ่าน เพราะการปกครองของชาวสยามไม่เบียดเบียนศาสนา ทางผ่านนี้เพื่อมุ่งหน้าไปทำงานที่ประเทศอื่นๆ เช่น โคจินจีน, ตังเกี๋ย, จีน, กัมพูชา, ลาว อีกประการหนึ่งก็คือ เมื่อคณะสงฆ์คณะใหม่เข้ามาในประเทศสยาม ได้แก่ คณะสงฆ์พื้นเมืองมิสซังต่างประเทศแห่งกรุงปารีส (M.E.P.) ได้มีพระสังฆราชเข้ามาด้วยเพื่อทำหน้าที่ปกครอง และยังได้เป็นผู้ก่อตั้งมิสซังสยามขึ้นมาอย่างเป็นทางการ โดยขออนุญาตจากทางกรุงโรม จนทำให้มิสซังสยามเป็นมิสซังแรกของการทำงานของคณะนี้ด้วย พระสงฆ์คณะนี้จึงมีความสำคัญและมีบทบาทอย่างต่อเนื่องในมิสซังสยามนี้ อย่างไรก็ตาม เนื่องจากบทความนี้เพียงแต่ต้องการสรุปเหตุการณ์ที่สำคัญๆ เท่านั้น จึงยังไม่ได้ให้รายละเอียดทั้งหมดไว้
          บรรดามิชชันนารีคณะโดมินิกัน, คณะฟรังซิสกัน หรือ คณะเยสุอิตก็ตาม ต่างเข้ามาในประเทศสยามในฐานะมิชชันนารีที่ถูกส่งมาโดยกษัตริย์ของประเทศโปรตุเกสและประเทศสเปน เพราะทั้งสองประเทศนี้ได้รับอภิสิทธิ์จากพระศาสนจักรที่จะเข้าครอบครองดินแดนใหม่ๆ และมีอภิสิทธิ์ที่จะเป็นผู้รับผิดชอบแต่ผู้เดียวในการเผยแพร่พระวรสาร ซึ่งเรียกกันทั่วๆ ไปว่า อภิสิทธิ์ปาโดรอาโด (Padroado) ต่อมาพระศาสนจักรเห็นว่า อภิสิทธิ์นี้ทำให้สิทธิ์ในการเผยแพร่พระวรสารซึ่งเป็นหน้าที่โดยตรงและสำคัญมากนี้ของพระศาสนจักรลดน้อยลง และมีปัญหาเกิดขึ้นมากมาย สมเด็จพระสันตะปาปาเกรโกรี ที่ 15 จึงทรงสถาปนากระทรวงหนึ่งขึ้นเมื่อวันที่ 6 มกราคม ค.ศ.1622 มีชื่อว่า สมณกระทรวงว่าด้วยการเผยแพร่ความเชื่อ หรือที่เรียกกันทั่วๆ ไปว่า โปรปากันดา ฟีเด (Propaganda Fide)  เพื่อให้พระศาสนจักรได้รับอำนาจการเผยแพร่ศาสนากลับคืนมา สมณกระทรวงใหม่นี้ทำหน้าที่แพร่ธรรมโดยตรง คำว่า มิสซัง (Mission) ก็ถูกใช้โดยสมณกระทรวงนี้ตั้งแต่แรกๆ เพราะคำว่ามิสซังนี้หมายถึงการส่งออกไป อันได้แก่ การส่งผู้แทนพระสันตะปาปา (Apostolic Vicars) ออกไปทำงานในนามของพระสันตะปาปา โดยพยายามอย่างเต็มที่ที่จะหลีกเลี่ยงปัญหาที่จะเกิดขึ้นกับประเทศโปรตุเกสและประเทศสเปนด้วย แต่ก็ไม่สามารถหลีกเลี่ยงปัญหาได้ ในเวลานั้นมีพระสงฆ์คณะเยสุอิตองค์หนึ่งคือ คุณพ่ออเล็กซานเดอร์ เดอ โรดส์ (Alexandre de Rhodes) ได้ขอให้จัดส่งพระสังฆราชไปตามภูมิภาคต่างๆ เพื่อบวชพระสงฆ์พื้นเมือง และให้พวกเขาทำหน้าที่แพร่ธรรมในหมู่ประชาชนของตนได้  ในที่สุดด้วยความร่วมมือและช่วยเหลือของหลายๆ คน คณะสงฆ์มิสซังต่างประเทศแห่งกรุงปารีสจึงได้ถูกก่อตั้งขึ้นมาในปี ค.ศ.1659 และเป็นผู้นำพระวรสารไปยังดินแดนต่างๆ ของโลกในเวลาต่อมาอย่างมีประสิทธิภาพ หลังจากการแต่งตั้งประมุขมิสซังต่างๆ แล้ว ต่อมาเมื่อวันที่ 27 ตุลาคม ค.ศ.1663  สามเณราลัยมิสซังต่างประเทศก็ได้ถูกก่อตั้งขึ้นอย่างเป็นทางการที่กรุงปารีส เพื่อเป็นสถานที่อบรมและส่งมิชชันนารีใหม่ไปยังภาคตะวันออกไกลต่อไป 
 
3. เหตุการณ์สำคัญๆ ของการแพร่ธรรมในกรุงศรีอยุธยา
          สมณกระทรวงโปรปากันดา ฟีเด ได้จัดส่งพระสังฆราชชุดแรก 3 องค์ จากพระสงฆ์คณะนี้เดินทางมาทำงานในฐานะผู้แทนพระสันตะปาปา  ในภูมิภาคตะวันออกไกลเป็นชุดแรก
          พระสังฆราชแต่ละองค์ถูกกำหนดให้เป็นผู้แทนพระสันตะปาปาของประเทศจีน, โคจินจีน และตังเกี๋ยเป็นหลัก แต่ประเทศเหล่านี้กำลังมีการเบียดเบียนศาสนาอย่างหนัก และไม่สามารถจะเดินทางเข้าไปได้อย่างเด็ดขาด บรรดาพระสังฆราชจึงต้องหยุดรออยู่ที่กรุงศรีอยุธยา เพื่อรอคอยให้เหตุการณ์ต่างๆ ดีขึ้นเสียก่อนและค่อยเดินทางต่อไป ประเทศสยามเป็นประเทศที่สงบสุขและเอื้ออาทรแก่ศาสนาต่างๆ หลังจากที่พระสังฆราชและมิชชันนารีได้มองเห็นสถานการณ์ทั่วๆ ไปของประเทศสยาม และมองเห็นท่าทีที่เป็นมิตรของพระมหากษัตริย์แล้ว เห็นได้ชัดว่าเป็นผลดีต่อการตั้งมั่นเพื่อใช้เป็นฐานในการเดินทางต่อไป เวลาเดียวกันก็เริ่มประกาศเทศนาสั่งสอนพระวรสารไปด้วย จึงตัดสินใจอยู่ที่กรุงศรีอยุธยา แน่นอนที่สุดว่าการเข้ามาของพระสังฆราชเหล่านี้ย่อมทำให้พวกมิชชันนารีที่มาจากสิทธิพิเศษของปาโดรอาโดไม่พอใจและไม่ยอมรับ ปัญหาที่ตามมาซึ่งมีอยู่เสมอๆ ในทุกดินแดนของโลกด้วย
          พระสังฆราชลังแบรต์ เดอ ลาม็อต (Lambert de la Motte) เป็นพระสังฆราชองค์แรกที่เดินทางมาถึงกรุงศรีอยุธยาเมื่อวันที่ 22 สิงหาคม 1662 พร้อมๆ กับ คุณพ่อยัง เดอ บูร์ช (Jean de Bourges), คุณพ่อเดดีเอร์ (Deydier) อีก 2 ปีต่อมา พระสังฆราชฟรังซัว ปัลลือ (François Pallu) พร้อมๆ กับคุณพ่อหลุยส์ ลาโน (Louis Laneau) คุณพ่อแฮงค์ (Hainques) คุณพ่อแบรงโด (Brindeau) และฆราวาสผู้ช่วยคนหนึ่งชื่อ เดอ ชาแมสซอง ฟัวซี (De Chamesson Foissy) เดินทางมาถึงประเทศสยามเช่นเดียวกันเมื่อวันที่ 27 มกราคม 1664 หลังจากได้ปรึกษาหารือกันแล้วเกี่ยวกับสถานการณ์ในประเทศที่พวกท่านต้องเดินทางไปรับผิดชอบ ทุกท่านเห็นว่าให้อยู่รอคอยโอกาสที่ดีกว่าที่ประเทศสยามนี้ การปกครองของประเทศสยามก็ไม่เบียดเบียนศาสนาอื่น ทั้งหมดจึงตัดสินใจอยู่ในประเทศสยามเพื่อทำงานแพร่ธรรมทันที   เมื่อพวกท่านมาถึงกรุงศรีอยุธยานั้นมีพระสงฆ์มิชชันนารีชาวโปรตุเกส 10 องค์,  ชาวสเปน 1 องค์ อยู่ในประเทศสยาม และมีคริสตชนทั้งหมดประมาณสองพันคน
          พระสังฆราชทั้งสองและบรรดามิชชันนารีจึงได้จัดการสัมมนาที่เรียกว่า ซีโน้ด (Synod) ขึ้นที่อยุธยา การประชุมต่างๆ ได้ตกลงวางแผนการทำงานกัน ดังจะสรุปได้ดังนี้
          1. วางแผนที่จะก่อตั้งคณะนักบวชแห่งอัครสาวกขึ้น อันประกอบไปด้วยนักบวชชาย-หญิง รวมทั้งฆราวาส โดยจะตั้งชื่อว่า คณะรักไม้กางเขนแห่งพระเยซูคริสต์ (Amateurs de La Croix de Jesus Christ) แผนนี้ได้รับการปฏิบัติเฉพาะบางส่วนเท่านั้นคือ มีการก่อตั้งคณะนักบวชหญิงพื้นเมืองคณะแรกของโลกขึ้นคือ คณะรักไม้กางเขน ผลของคณะนี้เรายังคงสามารถเห็นได้จากคณะนักบวชพื้นเมืองของสังฆมณฑลต่างๆ ในประเทศไทย
          2. ตัดสินใจที่จะจัดพิมพ์คำสั่งสอนที่สมณกระทรวงโปรปากันดา ฟีเด ได้จัดส่งให้แก่บรรดาผู้แทนพระสันตะปาปาเหล่านี้ก่อนที่จะออกเดินทาง โดยเฉพาะคำสั่งที่ออกมาในปี ค.ศ.1659 ซึ่งมีชื่อเสียงและเป็นที่รู้จักกันดีในหมู่นักศึกษา นอกจากนี้ยังออกคำสั่งสอนแก่บรรดามิชชันนารีอีกหลายฉบับด้วย
          3. ตกลงใจที่จะก่อตั้งบ้านเณร เพื่อผลิตพระสงฆ์พื้นเมืองอันเป็นเป้าหมายแรกที่พวกท่าน มาที่นี่ การทำงานในประเทศสยามตามโครงการต่างๆ เหล่านี้ ประสบผลเป็นอย่างดีด้วยพระมหากรุณาธิคุณอันล้นพ้นของพระเจ้าแผ่นดินและข้าราชการสยาม ประกอบกับประเทศสยามอยู่ในทำเลที่เหมาะสม ความเจริญทางด้านศาสนาก็เพิ่มขึ้นเรื่อยๆ พระสังฆราชปัลลือและพระสังฆราชลังแบร์ตเห็นว่า หากพวกท่านไม่สามารถมีอำนาจปกครองดูแลท้องถิ่นนี้อย่างเป็นทางการแล้ว (Jurisdiction) ปัญหาการไม่ยอมรับอำนาจการปกครองนี้ ก็จะเกิดขึ้นกับบรรดามิชชันนารีที่ขึ้นต่อสิทธิพิเศษของประเทศโปรตุเกสและประเทศสเปน พวกท่านจึงได้ขออำนาจจากทางกรุงโรมให้มีอำนาจการปกครองเหนือประเทศสยาม หลังจากที่กรุงโรมได้พิจารณาเรื่องนี้อยู่นานด้วยความรอบคอบ กรุงโรมก็ได้ตั้งมิสซังสยามขึ้นด้วยเอกสารทางการที่ชื่อว่า "Speculatores" ของวันที่ 13 กันยายน ค.ศ. 1669 ผู้แทนพระสันตะปาปาผู้ทำหน้าที่ดูแลมิสซังใหม่นี้ ได้แก่ พระสังฆราชหลุยส์ ลาโน ได้รับการแต่งตั้งและอภิเษกเป็นพระสังฆราช โดยพระสังฆราชทั้งสองข้างต้นนั้น ในวันที่ 25 มีนาคม 1674 พระสังฆราชลาโนจึงเป็นพระสังฆราชองค์แรกของมิสซังสยามของเรา
         มิสซังสยามเจริญก้าวหน้าขึ้นมากในสมัยสมเด็จพระนารายณ์มหาราช (1657-1688) พระองค์ทรงเปิดประเทศให้แก่ชาวตะวันตก และให้อิสรภาพในการเผยแพร่ศาสนาแก่บรรดามิชชันนารี ทั้งนี้เพราะเป็นนโยบายทางการเมืองที่จะเหนี่ยวรั้งอิทธิพลของชาติต่างๆ ที่อยู่ในประเทศสยามเวลานั้นด้วย งานสำคัญๆ ที่พวกมิชชันนารีฝรั่งเศสเหล่านี้ได้ทำ เช่น ก่อตั้งบ้านเณรหรือวิทยาลัยกลางขึ้นในปี ค.ศ.1665 ผู้ที่ได้รับแต่งตั้งเป็นอธิการองค์แรกของวิทยาลัยคือ คุณพ่อลาโน ซึ่งพระสังฆราชลังแบรต์กล่าวถึงคุณพ่อลาโนว่า   "คนน่านิยมยกย่องที่สุดคนหนึ่งที่ข้าพเจ้ารู้จัก"  บ้านเณรแห่งนี้ได้เจริญเติบโตขึ้นแม้จะมีการย้ายสถานที่อยู่หลายครั้ง  จนในที่สุดไปอยู่ที่ปีนัง  แต่ก็นับว่าเป็นผลงานที่มีคุณค่า ที่สุด  เป็นเสมือนหัวใจของงานแพร่ธรรมก็ว่าได้
          นอกจากนี้ยังได้ก่อตั้งโรงพยาบาลขึ้นในปี ค.ศ.1669 การแพร่ธรรมได้ขยายไปตามสถานที่และเมืองต่างๆ เช่น ที่อยุธยา, ละโว้, พิษณุโลก, บางกอก, ตะนาวศรี, เกาะถลาง (ภูเก็ต) และตะกั่วทุ่ง เป็นต้น ได้มีกลุ่มคริสตชนใหม่ๆ เกิดขึ้น มีการสร้างโบสถ์อย่างสวยงามตามที่ต่างๆ ดังที่กล่าวมาแล้ว จำนวนผู้ได้รับศีลล้างบาปเพิ่มขึ้นเรื่อยๆ นอกจากการสอนคำสอนแล้ว บรรดามิชชันนารียังต้องทำหน้าที่เป็นครูสอนให้คริสตังใหม่เหล่านั้นอ่านและเขียนภาษาไทยและภาษาลาตินอีกด้วย
         สมเด็จพระนารายณ์ให้การสนับสนุนพวกมิชชันนารีมาก ได้ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้พระสังฆราชและมิชชันนารีเข้าเฝ้าอย่างสง่า ได้พระราชทานที่ดินสำหรับสร้างวัดและโรงเรียน และยังได้พระราชทานวัตถุต่างๆ เพื่อใช้ในการก่อสร้างด้วย ในที่สุดประเทศสยามได้มีความสัมพันธ์ทางการทูตระหว่างประเทศฝรั่งเศสและกรุงโรม  มีการส่งคณะทูตอันเชิญพระราชสาสน์ไปเจริญสัมพันธไมตรีกับพระเจ้ากรุงฝรั่งเศสและสมเด็จพระสันตะปาปาหลายครั้ง  การที่สมเด็จพระนารายณ์ทรงมีพระทัยเมตตาต่อบรรดามิชชันนารีนี้  ทำให้เกิดมีความเข้าใจผิดขึ้น พระเจ้าหลุยส์ที่ 14,  บาทหลวงเยสุอิตชื่อ  กีย์ ตาชารด์ รวมทั้งทูตของพระเจ้าหลุยส์ที่ 14 แห่งประเทศฝรั่งเศส เข้าใจว่าสามารถทำให้พระนารายณ์กลับใจได้ และชนทั้งชาติก็จะกลับใจด้วย เรื่องนี้เป็นที่รู้กันในระหว่างขุนนางด้วย ประกอบกับขุนนางไทยเริ่มหวั่นเกรงว่าอิทธิพลของขุนนางชาวกรีก คนหนึ่งที่ชื่อ คอนสแตนติน ฟอลคอน (Constantine phalcon) ซึ่งเป็นที่โปรดปรานของสมเด็จพระนารายณ์มาก    จนได้รับแต่งตั้งเป็นเจ้าพระยาวิไชเยนทร์ มีอำนาจแม้กระทั่งควบคุมทหารได้ จะทำให้ความมั่นคงของประเทศสั่นคลอน พระเพทราชาจึงทำรัฐประหารขึ้นครองราชย์เป็นกษัตริย์ ขับไล่พวกฝรั่งเศสออกจากประเทศ รวมทั้งได้เบียดเบียนศาสนาของชาวฝรั่งเศส นั่นคือเบียดเบียนพวกมิชชันนารีและผู้ที่ถือคริสตศาสนา เหตุการณ์เหล่านี้เกิดขึ้นระหว่างปี ค.ศ.1688-1690 หลังจากนี้ไม่นาน เมื่อพระเพทราชาเห็นว่าทุกอย่างเข้าที่เข้าทางแล้ว ก็คืนสมบัติต่างๆ และคืนบ้านเณรให้แก่บรรดามิชชันนารีอีกครั้งหนึ่ง
          เหตุการณ์ต่อมาที่ทำให้การแพร่ธรรมของพวกมิชชันนารีประสบปัญหาอีกครั้งหนึ่ง เกิดในสมัยของพระเจ้าท้ายสระ (1709-1733)   พระสังฆราชและบรรดามิชชันนารีถูกห้ามไม่ให้ออกนอกพระนคร ห้ามใช้ภาษาไทยและบาลีในการสอนศาสนา ข้อห้ามต่างๆ เหล่านี้ถูกจารึกลงในแผ่นศิลาและตั้งไว้ที่หน้าวัดนักบุญยอแซฟ ที่อยุธยา หลักฐานบางชิ้นยังชี้ให้เห็นว่ามีการเบียดเบียนเกิดขึ้นในระหว่างปลายปี ค.ศ.1743 และต้นๆ ปี ค.ศ.1744 ด้วย จนมาถึงปี ค.ศ.1767 ทหารพม่าบุกเข้าทำลายกรุงศรีอยุธยาครั้งที่สอง พระสังฆราชบรีโกต์ถูกจับและถูกนำตัวไปประเทศพม่า วัดนักบุญยอแซฟถูกเผา และบ้านเณรถูกปล้น พวกคริสตังบางคนถูกกวาดต้อนไปเป็นเชลย ส่วนพวกที่หนีเอาตัวรอดได้ก็หนีกระจัดกระจายไปตามที่ต่างๆ บางกลุ่มก็หนีลงมาบางกอก การแพร่ธรรมต้องหยุดชะงักโดยสิ้นเชิง สิ่งเหล่านี้มีผลกระทบอย่างใหญ่หลวงต่อคริสตศาสนาจนทำให้การเผยแพร่พระวรสารเกือบสิ้นสุดไป
          หลังจากที่สมเด็จพระเจ้าตากสินทรงกอบกู้เอกราชคืนมาได้ในปี ค.ศ.1768 และทรงสถาปนากรุงธนบุรีเป็นราชธานีแล้ว ในระหว่างนี้มิสซังสยามค่อยฟื้นตัวขึ้นบ้าง คุณพ่อกอรร์ (Corre) ซึ่งได้ลี้ภัยไปอยู่ที่ประเทศเขมรได้เดินทางกลับเข้ามาในประเทศไทย และรวบรวมคริสตังที่บางกอกซึ่งมีจำนวนถึง 400 คน ให้มาอยู่รวมกัน สมเด็จพระเจ้าตากสินได้ทรงพระราชทานที่ดินแปลงหนึ่งสำหรับสร้างโบสถ์ คุณพ่อกอรร์ได้ตั้งชื่อว่า "วัดซางตาครู้ส" งานเผยแพร่พระวรสารได้เริ่มขึ้นใหม่อีกครั้ง จำนวนคนกลับใจและรับศีลล้างบาปได้เพิ่มขึ้นเรื่อยๆ ส่วนใหญ่เป็นชาวจีน พระสังฆราชกูเดได้บันทึกไว้ว่า "ที่นี่ (วัดซางตาครู้ส) มีคนจีนมาก ดูเหมือนจะสอนคนจีนให้กลับใจได้ง่ายกว่าคนไทย พระเจ้าแผ่นดินจะไม่ทรงห้ามเขาเป็นคริสตัง และเขาก็เป็นเหมือนคนต่างด้าว มิชชันนารีที่รู้จักภาษาจีน จะทำประโยชน์ในเมืองไทยได้มาก" และนี่คือเหตุผลที่ทำให้บรรดามิชชันนารีต้องเรียนรู้ภาษาจีนด้วย นอกจากภาษาไทยแล้ว
 
4. การแพร่ธรรมในสมัยกรุงรัตนโกสินทร์
          ในสมัยกรุงรัตนโกสินทร์ซึ่งเริ่มต้นในปี ค.ศ.1782 สถานการณ์ต่างๆ เริ่มดีขึ้น แม้ว่าสมเด็จพระเจ้าตากสิน (1768-1782) จะได้ขับไล่พวกมิชชันนารีออกนอกประเทศด้วยเหตุผลบางประการ สมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลก พระเจ้าอยู่หัวรัชกาลที่ 1 ก็ได้เชิญพระสังฆราชกูเดและบรรดามิชชันนารีกลับเข้ามาอีกครั้งหนึ่ง นับตั้งแต่นั้นมางานแพร่ธรรมก็เจริญรุ่งเรืองขึ้นเรื่อยๆ แม้จะไม่ส่งผลใหญ่โตนัก แต่ก็ต้องนับว่าเป็นความพยายามที่น่าชมของพระสังฆราชและบรรดามิชชันนารีทุกท่าน ในปี ค.ศ.1785 เมื่อกองทัพสยามกลับมาจากประเทศกัมพูชาและประเทศเวียดนาม หลังจากที่ได้ไปช่วยรบต่อต้านพวกไต้ซ้อง ก็ได้นำคริสตังโปรตุเกสจากประเทศกัมพูชามาเป็นจำนวน 450 คน พร้อมกับชาวกัมพูชาที่ต้องหลบหนีพวกไต้ซ้องอีก 100 คน นอกจากนี้ยังมีคริสตังอีก 250 คนซึ่งได้มาลี้ภัยอยู่ทางตอนเหนือของประเทศกัมพูชา ในปี ค.ศ.1793 พระมหากษัตริย์ไทยได้ส่งคนไปตามคริสตังกลุ่มนี้พร้อมกับครอบครัวของเขากลับมาอยู่ที่กรุงเทพฯ     คริสตังทั้งหมดที่กล่าวมานี้ได้มาตั้งรกรากอยู่ในละแวกวัดคอนเซปชัญ
         ในสมัยพระสังฆราชการ์โนลต์ (Garnault 1786-1811) ต้องนับว่าเป็นสมัยฟื้นฟูมิสซังสยามโดยแท้ พระสังฆราชการ์โนลต์เดินทางมาถึงกรุงเทพฯ ในปลายปี ค.ศ.1795 หรือต้นปี ค.ศ.1796 เมื่อท่านเดินทางมาถึงในเวลานั้น มีคริสตังอยู่ในเมืองหลวงประมาณ 1,000 คน คริสตัง 400 คน เป็นพวกดั้งเดิมที่อยู่ในประเทศสยาม และอีก 600 คน เป็นพวกที่ลี้ภัย ในปี ค.ศ.1796 นั้นเอง พระสังฆราชการ์โนลต์ได้จัดตั้งโรงพิมพ์ขึ้นที่วัดซางตาครู้ส โรงพิมพ์แห่งนี้ได้พิมพ์หนังสือคำสอน ซึ่งนับเป็นหนังสือเล่มแรกที่พิมพ์ขึ้นในประเทศสยาม หนังสือเล่มนี้พิมพ์ด้วยอักษรโรมัน แต่อ่านออกเสียงเป็นภาษาไทย หรือที่เรียกว่า "ภาษาวัด" หนังสือนี้มีชื่อว่า คำสอนคริสตัง (Khanson Christang) นอกจากนี้พระสังฆราชการ์โนลต์ยังได้ก่อตั้งบ้านเณรขึ้น ใช้ชื่อว่าบ้านเณรซางตาครู้ส เพื่อเป็นสถานฝึกอบรมชายหนุ่มที่สมัครใจจะบวชเป็นพระสงฆ์ และยังได้ฟื้นฟูคณะภคินีรักไม้กางเขนขึ้นอีกด้วย ตลอดสมัยที่พระสังฆราชการ์โนลต์เป็นพระสังฆราชท่านได้ทำพิธีบวชพระสงฆ์ 8 องค์
        ในสมัยพระสังฆราชฟลอรังส์  (Florens 1811-1834)  มิชชันนารีมีจำนวนลดน้อยลง อันเนื่องมากจากการปฏิวัติฝรั่งเศส ต้องรอคอยเป็นเวลานานถึง 14 ปี จึงมีโอกาสได้ต้อนรับมิชชันนารีองค์แรก   และต้องรอคอยอีก 4 ปี  จึงได้ต้อนรับมิชชันนารีองค์ที่สอง   พระสังฆราชฟลอรังส์ได้ย้ายบ้านเณรจากวัดซางตาครู้สมาอยู่ที่วัดอัสสัมชัญในปี ค.ศ.1820 และดำรงตำแหน่งอธิการของบ้านเณรด้วย นอกจากสร้างบ้านเณรแล้ว ท่านยังได้สร้างวัดอัสสัมชัญขึ้นในปี ค.ศ.1820 ในสมัยของพระสังฆราช ฟลอรังส์นี้ พระศาสนจักรในประเทศสยามไม่ได้ก้าวหน้าเท่าไรนัก สาเหตุมาจากการขาดแคลนมิชชันนารี การแพร่ธรรมส่วนใหญ่กระทำในหมู่ของชาวจีน
       ในปี ค.ศ.1827 พระสันตะปาปาเลโอ ที่ 12 ได้ออกกฤษฎีกากำหนดให้ประมุขมิสซังสยามมีอำนาจการปกครองเหนือประเทศสิงคโปร์ และอาณานิคมของอังกฤษ 
        ในสมัยพระสังฆราชกูรเวอซี (Courvezy 1834-1841) จำนวนคริสตังและมิชชันนารีได้เพิ่มมากขึ้น ท่านจึงได้ขอให้ทางกรุงโรมแต่งตั้งพระสังฆราชผู้ช่วยองค์หนึ่ง ซึ่งทางกรุงโรมก็เห็นสมควร และได้แต่งตั้งพระสังฆราชปัลเลอกัว (Pallegoix) เป็นพระสังฆราชผู้ช่วย ได้รับการ อภิเษกวันที่ 3 กรกฎาคม ค.ศ.1838 ต่อมาโดยอาศัยเอกสารฉบับหนึ่งจากกรุงโรม ชื่อว่า "Universi Dominici" ลงวันที่ 10 กันยายน ค.ศ.1841 กรุงโรมได้แบ่งแยกเขตปกครองในส่วนของประเทศมาเลเซียออกจากส่วนของมิสซังสยาม โดยก่อตั้งเป็น 2 มิสซังแยกจากกัน คือ มิสซังสยามตะวันออก ได้แก่ ประเทศสยามและประเทศลาวมีพระสังฆราชปัลเลอกัวเป็นผู้แทนพระสันตะปาปาทำหน้าที่ปกครอง  และมิสซังสยามตะวันตก ได้แก่ แหลมมาละยา, เกาะสุมาตรา และประเทศพม่าทางใต้ มีพระสังฆราชกูรเวอซีเป็นผู้แทนพระสันตะปาปาทำหน้าที่ปกครอง 
        บุคคลที่มีชื่อเสียงมากในมิสซังสยามเวลานั้นก็คือ พระสังฆราชปัลเลอกัว (1841-1862) ท่านเป็นผู้มีความสามารถ มีความรู้สูงในด้านวิทยาศาสตร์, คณิตศาสตร์ และด้านภาษาต่างๆ เมื่อครั้งที่ท่านประจำอยู่ที่วัดคอนเซปชัญ ซึ่งตั้งอยู่ใกล้กับวัดราชาธิวาส อันเป็นวัดที่เจ้าฟ้ามงกุฏ (รัชกาลที่ 4) ทรงผนวชอยู่ ท่านได้มีโอกาสถวายการสอนภาษาลาตินแด่พระองค์และพระองค์ก็ทรงสอนภาษาบาลีแก่ท่าน ทำให้พระสังฆราชปัลเลอกัวมีความรู้อย่างแตกฉานในภาษาสยามและภาษาบาลี และมีความสัมพันธ์ฉันมิตรอย่างแน่นแฟ้นกับเจ้าฟ้ามงกุฏ ความสัมพันธ์อันนี้เองที่ช่วยให้ท่านสามารถเทศน์สอนศาสนาได้โดยเสรีในเวลาต่อมา  พระสังฆราชปัลเลอกัวได้แต่งหนังสือเกี่ยวกับเมืองไทยมีชื่อว่า "Description du Royaume Thaï ou Siam" ตีพิมพ์ที่กรุงปารีสในปี ค.ศ.1854 และยังได้จัดทำพจนานุกรมเป็นภาษาต่างๆ ถึง 4 ภาษาด้วยกันมีชื่อว่า "สัพะ พะจะนะ พาสา ไท" พจนานุกรมเล่มนี้ใช้เวลาในการทำถึง 10 ปี ด้วยความมานะพยายามของท่าน นับเป็นหนังสือที่มีคุณค่าอย่างมหาศาลต่อประวัติศาสตร์ของชาวไทยโดยเฉพาะในเรื่องภาษาศาสตร์นอกจากนี้ท่านยังแต่งหนังสืออีกหลายเล่ม ทั้งหนังสือคำสอน และหนังสือที่มีประโยชน์ต่อการศึกษาไวยากรณ์ไทย พระสังฆราชปัลเลอกัวปกครองมิสซังสยามในสมัยรัชกาลที่ 3 และรัชกาลที่ 4 ในปี ค.ศ.1849 พระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัว (รัชกาลที่ 3) ได้ทรงขับไล่มิชชันนารีฝรั่งเศส 8 องค์ ออกจากประเทศ เนื่องจากพวกท่านเหล่านั้นไม่ยอมร่วมมือในงานพระราชพิธีงานหนึ่งที่พระองค์ทรงจัดขึ้นซึ่งขัดต่อข้อความเชื่อของคริสตศาสนา
        มิชชันนารีเหล่านี้ได้รับพระบรมราชานุญาตให้กลับเข้ามาอีกครั้งหนึ่งในปี ค.ศ.1851 เมื่อพระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว เสด็จขึ้นครองราชสมบัติในปี ค.ศ.1856 ประเทศสยามได้ทำสนธิสัญญากับประเทศฝรั่งเศส สนธิสัญญานี้อนุญาตให้ชาวสยามมีเสรีภาพในการเลือกนับถือศาสนา อนุญาตให้บรรดามิชชันนารีประกาศศาสนาโดยเสรี ให้สร้างบ้านเณร ก่อตั้งโรงเรียน และโรงพยาบาล และสามารถเดินทางไปในที่ต่างๆ ในประเทศได้  สมเด็จพระสันตะปาปาปีโอ ที่ 9 ทรงทราบเรื่อง จึงทรงมีพระสมณสาสน์ฉบับแรกลงวันที่ 20 ธันวาคม ค.ศ.1852 ส่วนฉบับที่สองลงวันที่ 7 ตุลาคม ค.ศ.1861 มาแสดงความขอบพระทัยที่พระมหากษัตริย์ ทรงมีพระมหากรุณาธิคุณต่อบรรดาคริสตังไทยเป็นอย่างดียิ่ง  ตลอดสมัยการปกครองของพระสังฆราชปัลเลอกัว มิสซังได้รับสันติสุข พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวทรงมีพระมหากรุณาธิคุณต่อมิสซังและต่อพระสังฆราช พระองค์ได้มีพระบรมราชโองการให้จัดงานศพของพระสังฆราชอย่างสมเกียรติที่สุด
        พระสังฆราชดือปองด์ (Dupond 1865-1872) ปกครองมิสซังสยามเป็นเวลา 7 ปี จำนวนคริสตังได้เพิ่มขึ้นทุกแห่ง ท่านได้สร้างวัดใหม่ 8 แห่ง จำนวนมิชชันนารีทั้งหมดที่เข้ามาในประเทศสยามในสมัยของท่านมีถึง 21 องค์ เนื่องด้วยพระสังฆราชดือปองด์เป็นผู้ที่มีความกระตือรือร้น และสามารถพูดภาษาสยามและภาษาจีนพื้นเมืองได้ดี ท่านสามารถทำงานท่ามกลางชาวสยามและชาวจีนได้ดี  มีการกลับใจมากมายโดยเฉพาะจากบรรดาชาวจีน  มีการเปิดกลุ่มคริสตชนในที่ใหม่หลายแห่ง โดยเฉพาะในย่านที่มีคนจีนอาศัยอยู่  เมื่อพระสังฆราชดือปองด์ถึงแก่มรณภาพในวันที่ 11 ธันวาคม ค.ศ.1872   มิสซังสยามมีคริสตชนจำนวน 10,000 คน  มีมิชชันนารีชาวยุโรปจำนวน 20 องค์  และมีพระสงฆ์พื้นเมือง 8 องค์ 
         ประเทศสยามในสมัยพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวกำลังอยู่ในระหว่างการปฏิรูป มีการนำเอาความรู้ทางตะวันตกใหม่ๆ เข้ามาในประเทศ เรียกได้ว่ามีสิ่งใหม่ๆ เกิดขึ้นมากมาย ประเทศชาติกำลังเจริญก้าวหน้าขึ้น ในสมัยเดียวกันนี้ พระสังฆราชยัง หลุยส์ เวย์ (Jean Louis Vey 1875-1909) เป็นผู้ปกครองมิสซังสยาม  นอกจากพระสังฆราชเวย์จะมีความสัมพันธ์อันดีกับพระเจ้าแผ่นดินและกับทางราชการแล้ว การแพร่ธรรมของมิสซังก็เจริญก้าวหน้าขึ้นอย่างมากด้วย ท่านได้ริเริ่มสิ่งใหม่ๆ  ขึ้นมาให้สอดคล้องกับการเปลี่ยนแปลงที่กำลังมีอยู่ในประเทศ  โดยก่อตั้งโรงพยาบาลเซนต์ หลุยส์ ก่อตั้งวิทยาลัย และโรงเรียนต่างๆ ได้เชิญคณะนักบวชต่างๆ เข้ามาทำงาน เช่น คณะแซงต์โมร์, คณะเซนต์ ปอล เดอ ชาร์ตร, คณะเซนต์คาเบรียล เข้ามาช่วยงานในมิสซัง นับเป็นความคิดริเริ่มที่บังเกิดผลอย่างมหาศาลต่อมิสซัง มีการพิมพ์หนังสือขึ้นใช้ในการสอนศาสนาจำนวนมาก พระสังฆราชเวย์ได้แต่งหนังสือขึ้นมาหลายเล่ม และส่งเสริมให้บรรดามิชชันนารีแต่งหนังสือเพิ่มขึ้นด้วย
        พระสังฆราชเวย์มีความรู้ความสามารถทางด้านภาษา ท่านจึงได้นำหนังสือ "สัพะ พะจะนะ พาสา ไท" ของพระสังฆราชปัลเลอกัวมาแก้ไขปรับปรุงใหม่ นับเป็นหนังสืออีกเล่มหนึ่งที่มีคุณค่าทั้งต่อมิสซังสยามและต่อประเทศไทย หนังสือเล่มนั้นมีชื่อว่า "ศริพจน์ภาษาไทย์" พิมพ์ในปี ค.ศ.1896
         อุปสรรคประการสำคัญในการทำงานประกาศศาสนาในสมัยของพระสังฆราชเวย์ ได้แก่ การเผชิญหน้ากับสมาคมลับของชาวจีน ซึ่งเรียกกันว่า "อั้งยี่" หรือ "ตั่วเฮีย" ทำให้การประกาศศาสนากับชาวจีนต้องประสบกับปัญหาอยู่เสมอๆ นอกจากนี้ปัญหาใหญ่อีกประการหนึ่งคือประเทศสยามมีปัญหาทางการเมืองกับประเทศฝรั่งเศส ด้วยเรื่องการเรียกร้องดินแดนฝั่งซ้ายและฝั่งขวาของแม่น้ำโขงในปี ค.ศ.1894 (ร.ศ. 112)   เหตุการณ์ครั้งนั้นทำให้ชาวสยามถือว่าชาวฝรั่งเศสเป็นศัตรู  รวมทั้ง คริสตศาสนาซึ่งเป็นศาสนาของชาวฝรั่งเศสก็เป็นศาสนาของศัตรูด้วย ประเทศสยามและประเทศฝรั่งเศสต้องเผชิญกับปัญหาทางการเมืองนี้ไปจนถึงปี ค.ศ.1907 ประเทศสยามได้ยกดินแดนพระตะบอง ศรีโสภณ และเสียมราฐ  ให้แก่ประเทศฝรั่งเศสซึ่งหมายความว่าตลอดช่วงสมัยของพระสังฆราชเวย์ มิสซังสยามต้องประสบกับความกดดันทางการเมืองเหล่านี้อยู่เสมอมา ต้องทำงานกับประชาชนซึ่งมองดูมิชชันนารีด้วยสายตาแห่งความเป็นศัตรู
        การเปลี่ยนแปลงประการหนึ่งที่ทำให้เห็นว่ามิสซังสยามเจริญก้าวหน้าขึ้นอย่างมาก ได้แก่การแต่งตั้งมิสซังลาว แยกออกจากการปกครองของมิสซังสยามในปี ค.ศ.1889 มีพระสังฆราชกืออาส (Cuaz) เป็นผู้แทนพระสันตะปาปา ทำหน้าที่ปกครองดูแลมิสซังใหม่นี้เป็นองค์แรก นอกจากนี้พระสังฆราชเวย์ยังได้เริ่มบุกเบิกงานแพร่ธรรมไปสู่ส่วนต่างๆ ของประเทศมากขึ้นทั้งทางภาคเหนือและภาคใต้ งานต่างๆ เหล่านี้ได้รับการส่งเสริมอย่างดียิ่งและบังเกิดผลมากขึ้นในสมัยพระสังฆราชเรอเน แปร์รอส (René Perros 1909-1947) เรียกได้ว่ามิสซังสยามเจริญก้าวหน้าขึ้นทีละเล็กทีละน้อย ช้าๆ แต่มั่นคง
        ในสมัยของพระสังฆราชแปร์รอสนี้เอง ได้มีการขยายงานแพร่ธรรมออกไปอย่างกว้างขวางทั้งทางภาคเหนือและภาคใต้ เขตปกครองทางราชบุรีได้ถูกแต่งตั้งขึ้นเป็นดินแดนอิสระ และได้มอบให้พระสงฆ์คณะซาเลเซียนเป็นผู้ทำงานในเขตใหม่นี้ในปี  ค.ศ.1930 ภายในระยะเวลาเพียง 4 ปี มิสซังราชบุรีได้รับการยกขึ้นเป็นกิ่งมิสซังมีพระสังฆรักษ์เป็นผู้ปกครอง (Apostolic Prefecture) เมื่อวันที่ 28 พฤษภาคม ค.ศ.1934 และที่สุดได้รับการยกขึ้นอีกครั้งเป็นมิสซังหรือเทียบสังฆมณฑลเมื่อวันที่ 3 เมษายน ค.ศ.1941  เขตปกครองทางจันทบุรีก็ได้รับการยกขึ้นเป็นมิสซังหรือเทียบสังฆมณฑลเมื่อวันที่ 18 ตุลาคม ค.ศ.1944
          พระสังฆราชแปร์รอสมีความคิดที่ว่าเมื่อมีวัดคาทอลิกที่ไหน ก็ต้องมีโรงเรียนที่นั่นด้วย เพื่อเป็นสถานที่สำหรับอบรมสั่งสอน และให้การศึกษาแก่ลูกหลานคริสตังและลูกคนต่างศาสนา ดังนั้นในสมัยของท่านจึงมีโรงเรียนต่างๆ เกิดขึ้นมากมายโดยเฉพาะโรงเรียนของวัด  นอกจากนี้ยังมีคณะ นักบวชต่างๆ จากต่างประเทศเดินทางเข้ามาทำงานอย่างมากมายหลายคณะ เช่น คณะอูรสุลิน เข้ามาในปี ค.ศ.1924 จัดตั้งโรงเรียนมาร์แตร์เดอี และโรงเรียนวาสุเทวีขึ้นที่กรุงเทพฯ จัดตั้งโรงเรียนเรยีนาเชลีขึ้นที่เชียงใหม่   ต่อมาในปี ค.ศ.1925    ภคินีคณะคาร์เมไลท์เดินทางเข้ามาทำงานในด้านต่างๆ   คณะซาเลเซียนเข้ามาในปี ค.ศ.1927 เป็นต้น การเข้ามาของคณะนักบวชต่างๆ เหล่านี้ ทำให้งานทางด้านการศึกษาเจริญก้าวหน้าขึ้นอย่างรวดเร็ว ทำให้พระสังฆราชแปร์รอสมีบุคลากรเพิ่มขึ้น และสามารถขยายงานออกไปยังที่ต่างๆ ได้มากขึ้น
         อย่างไรก็ตาม สงครามอินโดจีนซึ่งเกิดขึ้นในระหว่างสงครามโลกครั้งที่สองก็เป็นอุปสรรคสำคัญที่ทำให้งานประกาศพระศาสนาต้องหยุดชะงักลง     ชาวไทยมองดูมิชชันนารีฝรั่งเศสและคริสตศาสนาเป็นศัตรูอีกครั้งหนึ่ง ในครั้งนี้มีเหตุการณ์รุนแรงมาก คณะเลือดไทยซึ่งต่อสู้อย่างเต็มที่กับอิทธิพลของฝรั่งเศสในประเทศไทยได้ทำหน้าที่ในการปกป้องประเทศ คริสตศาสนาอ่อนแอลงมาก บรรดามิชชันนารีฝรั่งเศสหลายองค์ต้องเดินทางออกนอกประเทศ และถูกห้ามทำการเผยแพร่ศาสนา เหตุการณ์ในครั้งนั้นคริสตชนชาวไทยหลายคนถูกจับ  พระสงฆ์ 5 องค์ ถูกจำคุกเพราะความเข้าใจผิด คริสตชนบางคนถูกฆ่าตาย แต่พระสังฆราชแปร์รอสก็มิได้ท้อถอย พยายามที่จะทำให้สถานการณ์ต่างๆ ดีขึ้น คอยดูแลเอาใจใส่บรรดามิชชันนารีและพระสงฆ์พื้นเมืองไม่ให้เสียกำลังใจ มิสซังสยามได้ผ่านพ้นวิกฤติการณ์ในครั้งนั้นมาได้ด้วยดี เนื่องจากความชราภาพ ท่านได้ลาออกจากประมุขมิสซังในปี ค.ศ. 1947 และเลือกไปทำงานกับกลุ่มคริสตชนเล็กๆ ที่เชียงใหม่ต่อไป
 
5. การก่อตั้งพระฐานานุกรมพระศาสนาจักรไทย
          ในสมัยพระสังฆราชหลุยส์ โชแรง (Louis Chorin 1947-1965) การแบ่งแยกการปกครองเช่นนี้ก็ยังคงมีอยู่  เพราะในปี ค.ศ.1960  เขตปกครองทางเชียงใหม่ได้รับการยกขึ้นเป็นสังฆรักษ์   การทำงานแพร่ธรรมในสมัยนี้ดีขึ้นมาก เนื่องจากจำนวนมิชชันนารีและพระสงฆ์พื้นเมืองเพิ่มมากขึ้น รวมทั้งคณะนักบวชต่างๆ ก็เข้ามาช่วยทำงานมากขึ้นด้วย
       พระศาสนจักรในเมืองไทยเจริญรุ่งเรืองขึ้นมา เพราะอาศัยความร้อนรนและความขยันขันแข็งของบรรดาพระสังฆราชและบรรดามิชชันนารี รวมทั้งพระสงฆ์พื้นเมืองและนักบวชคณะต่างๆ มีแนวโน้มที่จะสามารถเจริญก้าวหน้าต่อไปได้อย่างดี สมณกระทรวงโปรปากันดา ฟีเด จึงตัดสินใจว่า ถึงเวลาแล้วที่ควรจะสถาปนาพระฐานานุกรมพระศาสนจักรในประเทศไทย ให้มีฐานะและศักดิ์ศรีเทียบเท่าพระศาสนจักรท้องถิ่นอื่นๆ ของประเทศต่างๆ ในยุโรป ด้วยความสนับสนุนของผู้แทนพระสันตะปาปาประจำประเทศไทย 2 องค์ ได้แก่ ฯพณฯ ยอห์น กอร์ดอน และ ฯพณฯ อันเยโล เปโดรนี สมเด็จพระสันตะปาปาเปาโล ที่ 6 ได้ทรงสถาปนาพระฐานานุกรมพระศาสนจักรในเมืองไทยเมื่อวันที่ 18 ธันวาคม 1965 โดยแบ่งแยกเขตปกครองออกเป็น 2 แขวงใหญ่ๆ  (Ecclesiastical Provinces)  ได้แก่  แขวงปกครองของกรุงเทพฯ และแขวงปกครองของท่าแร่-หนองแสง  มีพระสังฆราชเป็นผู้ปกครองโดยตรง ซึ่งมีรายละเอียดพอจะสรุปได้ดังต่อไปนี้
 
1. แขวงปกครองพระศาสนจักรแห่งกรุงเทพฯ ประกอบด้วย
- อัครสังฆมณฑลกรุงเทพฯ   มี ฯพณฯ ยวง นิตโย  เป็นอัครสังฆราช มีสังฆมณฑล 3 สังฆมณฑล อยู่ภายใต้แขวงปกครองนี้ ได้แก่
1. สังฆมณฑลราชบุรี
2. สังฆมณฑลจันทบุรี
3. สังฆมณฑลเชียงใหม่
 
2. แขวงปกครองพระศาสนจักรแห่ง ท่าแร่-หนองแสง ประกอบด้วย
- อัครสังฆมณฑลท่าแร่-หนองแสง มี ฯพณฯ มีคาแอล เกี้ยน เสมอพิทักษ์ เป็นอัครสังฆราช มีสังฆมณฑล 3 สังฆมณฑล อยู่ภายใต้แขวงปกครองนี้ ได้แก่
1. สังฆมณฑลอุบลราชธานี
2. สังฆมณฑลนครราชสีมา
3. สังฆมณฑลอุดรธานี
         จะสังเกตได้ว่าบัดนี้ทุกๆ มิสซังที่มีอยู่ ได้รับการแต่งตั้งขึ้นให้อยู่ในระดับสังฆมณฑลมีพระสังฆราชของตนเองปกครอง นับว่าเป็นเกียรติต่อพระศาสนจักรในเมืองไทยอย่างมาก และพระศาสนจักรในเมืองไทยได้เฉลิมฉลองครบรอบ 25 ปี แห่งการสถาปนาพระฐานานุกรมนี้เมื่อวันที่ 6 มกราคม ค.ศ.1991 ที่บ้านเณรใหญ่แสงธรรม ในแต่ละสังฆมณฑลก็ได้จัดให้มีการเฉลิมฉลองกันเป็นพิเศษอีกด้วย
        ต่อมาไม่นานหลังจากได้รับการสถาปนาพระฐานานุกรมแล้ว สังฆมณฑลนครสวรรค์ได้รับการแต่งตั้งขึ้นเมื่อวันที่ 25 กุมภาพันธ์ ค.ศ.1967 อีก 2 ปีต่อมา สังฆมณฑลสุราษฎร์ธานีก็ได้รับการแต่งตั้งขึ้นเมื่อวันที่ 26 มิถุนายน ค.ศ.1969 สังฆมณฑลใหม่ทั้งสองนี้อยู่ในแขวงปกครองพระศาสนจักรแห่งกรุงเทพฯ
         ในปี ค.ศ.1973 พระอัครสังฆราช ยอแซฟ ยวง นิตโย หรือ ฯพณฯ ยวง นิตโย ขอลาออกจากหน้าที่เพราะสุขภาพและความชราภาพ พระอัครสังฆราชองค์ที่ 2 แห่งอัครสังฆมณฑลกรุงเทพฯ ได้แก่ ฯพณฯ ไมเกิ้ล มีชัย กิจบุญชู งานของพระศาสนจักรขยายขอบเขตออกไปในทุกๆ ด้าน ในที่สุดเมื่อวันที่ 2 กุมภาพันธ์ 1983   สมเด็จพระสันตะปาปายอห์น ปอล ที่ 2 ได้แต่งตั้งพระอัครสังฆราช ไมเกิ้ล มีชัย กิจบุญชู เป็นพระคาร์ดินัล  นำความปลาบปลื้มใจมาสู่คาทอลิกในประเทศไทย เป็นเกียรติและศักดิ์ศรีที่น่าภูมิใจของประเทศชาติด้วย นับเป็นพระคาร์ดินัลองค์แรกของประเทศไทย.
 
ตารางเทียบสมัยการปกครอง มิสซังสยาม-กรุงเทพฯ
 
1. พระสังฆราชปิแอร์ ลังแบรต์ เดอ ลา ม็อต (Pierre Lambert de la Motte) สังฆราช เกียรตินามแห่งเบริธ (B้rythe 1662-1673) รัชสมัยสมเด็จพระนารายณ์ฯ
2. พระสังฆราชฟรังซัว ปัลลือ (Fran็ois Pallu) สังฆราชเกียรตินามแห่งเฮลิโอโปลิส (H้liopolis 1658-1684) รัชสมัยสมเด็จพระนารายณ์ฯ

มิสซังสยาม สมัยกรุงศรีอยุธยา 1669-1767 

ลำดับที่

นามประมุขของมิสซัง

สังฆราช

เกียรตินามแห่ง

ระยะเวลา

ตรงกับรัชสมัย

ระยะเวลา

1

พระสังฆราชหลุยส์ ลาโน

Mgr.  Louis Laneau

Métellopolis

1674-1696

พระนารายณ์ฯ

 

พระเพทราชา

1656-1688

 

1688-1703

2

คุณพ่อแฟร์เรอซ์

R.P. Ferreux

 

1696-1698

พระเพทราชา

1688-1703

3

พระสังฆราชเดอ ซีเซ

Mgr. de Cicé

 

 

Sabule

 

 

1700-1727

พระเพทราชา

 

พระเจ้าเสือ

พระเจ้าท้ายสระ

1688-1703

 

1703-1708

1708-1732

4

พระสังฆราชเดอ เกราเล

Mgr. de Quéralay

 

Rosalie

 

1727-1736

พระเจ้าท้ายสระ

 

พระเจ้าบรมโกษฐ์

1708-1732

 

1732-1758

5

คุณพ่อเลอแมร์

R.P. Lemaire

 

1736-1738

พระเจ้าบรมโกษฐ์

1732-1758

6

พระสังฆราชโลลิแอร์

Mgr. de Loliére

Juliopolis

1738-1755

พรเจ้าบรมโกษฐ์

1732-1758

7

พระสังฆราชบรีโกต์

Mgr. Brigot

 

Tabraca

1755-1767

พระเจ้าบรมโกษฐ์

 

พระเจ้าเอกทัศน์

1732-1758

(60 วัน)

1758-1767

มิสซังสยาม สมัยกรุงรัตนโกสินทร์ 1767-1899

ลำดับที่

นามประมุขของมิสซัง

สังฆราช

เกียรตินามแห่ง

ระยะเวลา

ตรงกับรัชสมัย

ระยะเวลา

8

พระสังฆราชเลอบ็อง

Mgr. Le Bon

Métellopolis

1768-1780

พระเจ้าตากสิน

1768-1782

9

พระสังฆราชกูเด

Mgr. Coudé

Rhési

1782-1785

พระพุทธยอดฟ้าฯ

1782-1809

10

พระสังฆราชการ์โนลต์

Mgr. Garnault

 

Métellopolis

1786-1811

พระพุทธยอดฟ้าฯ

 

พระพุทธเลิศหล้าฯ

1782-1809

 

1809-1824

11

พระสังฆราชฟลอรังส์

Mgr. Florens

 

Sozopolis

1811-1834

พระพุทธเลิศหล้าฯ

 

พระนั่งเกล้าฯ

1809-1824

 

1824-1851

12

พระสังฆราชกูรเวอซี

Mgr. Courvezy

Bide

1834-1841

พระนั่งเกล้าฯ

1824-1851

13

พระสังฆราชปัลเลอกัว

Mgr. Pallegoix

 

Mallos

1841-1862

พระนั่งเกล้าฯ

 

พระจอมเกล้าฯ

1824-1851

 

1851-1868

14

พระสังฆราชดือปองด์

Mgr. Dupond

 

Azoth

1865-1872

พระจอมเกล้าฯ

 

พระจุลจอมเกล้าฯ

1851-1868

 

1868-1910

15

พระสังฆราชหลุยส์ เวย์

Mgr. Louis Vey

Géraza

1875-1909

พระจุลจอมเกล้าฯ

1868-1910

16

พระสังฆราชแปร์รอส

Mgr. René Perros

 

 

 

Zoara

1909-1934

พระจุลจอมเกล้าฯ

 

พระมงกุฎเกล้าฯ

พระปกเกล้าฯ

1868-1910

 

1910-1925

1925-1934

 มิสซังกรุงเทพฯ สมัยกรุงรัตนโกสินทร์ 1935 - 1965

ลำดับที่

นามประมุขของมิสซัง

สังฆราช

เกียรตินามแห่ง

ระยะเวลา

ตรงกับรัชสมัย

ระยะเวลา

 

พระสังฆราชแปร์รอส

Mgr. René Perros

 

Zoara

1935-1947

พระเจ้าฯ อานันทฯ

พระเจ้าฯ ภูมิพลฯ

1934-1946

1946-

17

พระสังฆราช  โชแรง

Mgr. Louis Chorin

พระสังฆราชยวง นิตโย

Mgr. Joseph Nittayo

(พระสังฆราชผู้ช่วย)

Polistylos

 

 

Obba

1947-1965

 

13 ก.ย.63-

29 เม.ย.65

พระเจ้าฯ ภูมิพลฯ

 

พระเจ้าฯ ภูมิพลฯ

1946-

 

1946-

18

พระสังฆราชยวง นิตโย

 

29 เม.ย.65

-ธ.ค. 65

พระเจ้าฯ ภูมิพลฯ

1946- 

อัครสังฆมณฑลกรุงเทพฯ สมัยกรุงรัตนโกสินทร์ 1965-ปัจจุบัน

ลำดับที่

 

นามประมุขของมิสซัง

สังฆราชแห่ง

ระยะเวลา

ตรงกับรัชสมัย

ระยะเวลา

 

พระอัครสังฆราชยอแซฟ ยวง นิตโย

กรุงเทพฯ

1965-1973

พระเจ้าฯ ภูมิพลฯ

1946-

19

พระอัครสังฆราชไมเกิ้ล

มีชัย กิจบุญชู

Car. Micheal Michai

Kitbunchu (พระคาร์ดินัล )

กรุงเทพฯ

 

 

1973-

 

2 ก.พ.1983

พระเจ้าฯ ภูมิพลฯ

1946-

20

พระอัครสังฆราช ฟ รังซิสเซเวียร์ 
เกรียงศักดิ์ โกวิทวาณิช 
Bishop Francis Xavier Keangsak Kowit Vanit
 กรุงเทพฯ  2009-ปัจจุบัน  พระเจ้าฯ ภูมิพลฯ  1946