วัดนักบุญยอแซฟ อยุธยา

 
 
วัดนักบุญยอแซฟ
เป็นศูนย์กลางของมิสซังสยาม
 
30 ม.11 ต.สำเภาล่ม อ.พระนครศรีอยุธยา จ.พระนครศรีอยุธยา 13000
โทร. 0-3570-1291, 0-3570-1526 โทรสาร 0-3570-1293
 
 
โดย คุณพ่อ ว.ลาร์เก
ทบทวนโดย คุณพ่อสุรชัย  ชุ่มศรีพันธุ์
  
พระสังฆราช ปีแอร์ ลังแบรต์ เดอ ลา ม็อต  ตั้งศูนย์ที่กรุงศรีอยุธยา
พระสังฆราช ปีแอร์ ลังแบรต์ เดอ ลา ม็อต ไม่ได้รับอำนาจในการปกครองมิสซังสยามโดยเฉพาะ แต่ท่านเป็น 1  ในจำนวนมิชชันนารี 7 คน  ที่พระสันตะปาปาทรงแต่งตั้งให้เป็นประมุขมิสซัง สำหรับภาคตะวันออกไกล ซึ่งเวลานั้นในดินแดนแถบนี้ยังไม่ได้เป็นดินแดนมิสซัง  จึงยังไม่มีพระสังฆราชองค์ใดมาปกครองโดยเฉพาะบรรดาประมุขมิสซังได้รับหน้าที่ให้ไปเผยแพร่ศาสนาในประเทศต่างๆ  ทางตะวันออกไกล  ตามเขตพื้นที่ที่ได้รับมอบหมาย  และพระสันตะปาปายังทรงมอบอำนาจให้ประมุขมิสซังเหล่านี้ทำการบวชพระสงฆ์พื้นเมือง และมีสิทธิในการเลือกและแต่งตั้งพระสังฆราชสำหรับปกครองสังฆมณฑลๆ  หนึ่ง  เมื่อเห็นว่าสมควร
 
พระสังฆราช ลังแบรต์  ออกเดินทางโดยทางเรือ  พร้อมกับคุณพ่อ เดอ บูร์ช  และคุณพ่อ เดดีเอร์  ท่านทั้งสามเดินทางมาถึงกรุงศรีอยุธยา  ซึ่งเป็นเมืองหลวงของประเทศสยาม  ในวันที่ 22 สิงหาคม ค.ศ. 1668  ส่วนคณะของพระสังฆราช ปัลลือ  ได้เดินทางมาถึงวันที่ 27 มกราคม ค.ศ. 1664 
 
อันที่จริงกรุงศรีอยุธยาไม่ใช่จุดหมายปลายทางของธรรมทูตคณะนี้ เพราะสมณะกระทรวงเผยแพร่ความเชื่อต้องการให้ธรรมทูตคณะนี้ไปเผยแพร่ศาสนายังแคว้นตังเกี๋ย  แคว้นโคชินไชนา  และจีน  แต่เนื่องจากขณะนั้นดินแดนเหล่านี้กำลังถูกเบียดเบียนศาสนาอย่างรุนแรง และไม่สามารถจะดั้นด้นเข้าไปได้ กลุ่มธรรมทูตเหล่านี้จึงตัดสินใจพำนักอยู่ที่กรุงศรีอยุธยาก่อน  ต่อมาพระสังฆราช ลังแบรต์และคุณพ่อ เดดีเอร์  ได้พยายามที่จะเดินทางไปยังประเทศจีน  แต่เรือถูกพายุอับปาง ต้องเดินทางกลับมาที่กรุงศรีอยุธยาอีก คราวนี้ได้ไปอาศัยอยู่ในค่ายของกลุ่มคริสตังญวน
 
พระมหากษัตริย์แห่งกรุงสยามในเวลานั้นคือสมเด็จพระนารายณ์มหาราช  พระองค์ทรงปกครองประเทศด้วยพระปรีชาสุขุม  ทรงเป็นนักการเมืองผู้ยิ่งใหญ่  ติดต่อผูกสัมพันธไมตรีกับนานาประเทศยังผลให้การค้าขายเจริญรุ่งเรือง  ทำให้ประเทศมั่งคั่ง รัชสมัยของสมเด็จพระนารายณ์ฯ เป็นสมัยที่เจริญรุ่งเรือง  ประเทศยามมีแต่ความร่มเย็นเป็นสุข  เป็นที่นัดพบของบรรดาพ่อค้าที่มาจาก    ชาติต่างๆ  เป็นต้น  ชาวโปรตุเกส  อังกฤษ  ฮอลันดา  สเปน  เยอรมัน  กรีก  อารเมเนียและจีน  นอกจากนี้ ยังเป็นที่ลี้ภัยของคริสตังญวน  และญี่ปุ่น  ที่หนีการเบียดเบียนศาสนามาจากประเทศของตน  มีผู้กล่าวว่า  ในสมัยนั้น ในประเทศสยามมีชาวต่างชาติมาอาศัยอยู่ถึง 43 ชาติ
 
เข้าเฝ้าพระมหากษัตริย์
ต่อมาไม่นาน  ทางราชสำนักทราบว่า พระสังฆราช ลังแบรต์ เดอ บา ม็อต  และคณะ มาพำนักอยู่ที่กรุงศรีอยุธยา  สมเด็จพระนารายณ์ทรงปรารถนาใคร่จะพบปะกับท่าน  พระสังฆราชและบรรดามิชชันนารีจึงเดินทางไปยังเมืองละโว้(ลพบุรี)  อันเป็นที่ประทับของพระเจ้าแผ่นดิน  การเข้าเฝ้าครั้งนี้เป็นการเข้าเฝ้าอย่างไม่เป็นทางการ เพราะตามประเพณีไทย อนุญาตให้เฉพาะคณะทูตเข้าเฝ้าอย่างเป็นทางการเท่านั้น  อย่างไรก็ดี พระสังฆราชและคณะได้รับการต้อนรับอย่างมีเกียรติ จนพระสังฆราช ลังแบรต์  รู้สึกซาบซึ้งในพระมหากรุณาธิคุณที่ทรงอนุญาตให้ท่านพำนักอยู่ในราชอาณาจักรสยาม
 
พระราชทานที่ดินและวัสดุต่างๆ  เพื่อสร้างวัด
1. สร้างวัดชั่วคราวและโรงเรียน
ปี ค.ศ. 1665  พระสังฆราช ลังแบรต์ เดอ ลา ม็อต  ทูลขอพระบรมราชานุญาตก่อสร้างโรงเรียน  เมื่อทูลขอเสร็จแล้ว  พระสังฆราชเสริมว่า เดชะพระทัยดีของพระองค์  จะได้สร้างวัดหลังหนึ่งเพื่อประกอบศาสนพิธี (ที่กรุงศรีอยุธยา เมื่อเราพูดถึงบ้านเณรในเวลานั้น จะหมายถึงวัด บ้านพักพระสังฆราช และโรงเรียน)
 
สมเด็จพระนารายณ์ ฯ ทรงพระราชทานที่ดินแปลงหนึ่งริมฝั่งแม่น้ำ และทรงสัญญาจะพระราชทานวัสดุต่างๆ  สำหรับใช้ในการสร้างวัดด้วย  ในปี ค.ศ. 1666  ได้เริ่มลงมือก่อสร้างโรงเรียนเป็นอิฐและสร้างวัดชั่วคราวเป็นไม้  ทั้งหมดนี้รวมเรียกว่า “ค่ายนักบุญยอแซฟ”
คุณพ่อลาโน เห็นว่าจำเป็นต้องเรียบเรียงคำสอนเป็นภาษาไทย และแปลบทสวดที่สำคัญๆ   ท่านจึงได้แต่งหนังสือเล่มเล็กๆ  ขึ้นเล่มหนึ่งว่า “มีพระผู้เป็นเจ้า” และข้ออัตถ์ลึกซึ้งเรื่องการรับเป็นมนุษย์และการไถ่บาป
 
2.  สร้างสามเณราลัยใหญ่
ประมุขมิสซังทั้งสององค์ คือ พระสังฆราช ลังแบรต์ เดอ ลา ม็อต  และพระสังฆราช ปัลลือ  พิจารณาเห็นว่าเพื่อให้การอบรมพระสงฆ์พื้นเมืองได้ผลดี  จำต้องเร่งก่อตั้งสามเณราลัยขึ้นโดยเร็ว    ให้คนหนุ่มๆ  ที่มีกระแสเรียกและมีความตั้งใจในการเป็นพระสงฆ์  จากมิสซังต่างๆ  ที่อยู่ในความดูแลของประมุขทั้งสองได้รับการอบรมในสามเณราลัย พระสังฆราชทั้งสองจึงตกลงใจก่อตั้งสามเณราลัยขึ้นที่กรุงศรีอยุธยา
 
3.  สร้างโรงพยาบาล
โครงการต่อมาของพระสังฆราช ลังแบรต์ เดอ ลา ม็อต  คือ ตั้งโรงพยาบาลขึ้นที่กรุงศรีอยุธยา  ซึ่งในปี ค.ศ. 1669  ได้สร้างเป็นโรงเรือนหลังเล็กๆ  ครั้งแรกรับคนป่วย 3-4 คน  ต่อมาเพิ่มเป็น 10 คน  หมอประจำโรงพยาบาลก็คือ คุณพ่อลาโน นั้นเอง  เนื่องจากท่านได้เคยศึกษาวิชาแพทย์มาจากประเทศฝรั่งเศสอยู่บ้าง  จึงเป็นโอกาสที่ได้ใช้ความรู้และแสดงความรักต่อเพื่อนมนุษย์  ต่อมาไม่ถึง 10 ปี  โรงพยาบาลแห่งนี้ มีตึกเพิ่มเป็น 2 หลัง  หลังหนึ่งสำหรับคนไข้ชาย  อีกหลังหนึ่งสำหรับคนไข้หญิง  จำนวนคนไข้แห่งนี้เคยมีถึง 90 คน
 
ในบริเวณโรงพยาบาลยังมีโรงจ่ายยา  ซึ่งมีคนไข้มาขอรับการรักษาถึงวันละ 200-300 ราย    การรักษากระทำไปโดยไม่ได้เรียกร้องอะไร  และเมื่อคนไข้กลับบ้าน  ทางโรงพยาบาลยังแถมเสบียงสำหรับเดินทางให้อีกด้วย  พระเจ้าแผ่นดินทรงทราบกิตติศัพท์ในเรื่องนี้  พระองค์ได้ทรงฝากเก้าอี้ทองตัวหนึ่ง  คล้ายกับธรรมาสน์ในพระพุทธศาสนา  มาพระราชทานแก่คณะมิชชันนารี  เก้าอี้ตัวนี้ได้ถูกยกไปตั้งไว้ในวัดเพื่อใช้เป็นอาสนะของพระสังฆราช  นอกจากคุณพ่อ ลาโน   ซึ่งรับหน้าที่เป็นหมอแล้ว ยังมี เรอเน  ชาร์บอโน(Rene Charbonnneau)  ซึ่งเป็นภราดาในคณะมิสซังต่างประเทศแห่งกรุงปารีส  เขาเป็นคนมีจิตใจโอบอ้อมอารี  รับหน้าที่เป็นบุรุษพยาบาลที่โรงพยาบาลแห่งนี้  และที่พิษณุโลก
 
การเข้าเฝ้าของบรรดามิชชันนารีในปี คงศ. 1669
ปี ค.ศ. 1669  พระสังฆราชปัลลือ  ได้ทูลขอต่อพระเจ้าหลุยส์ที่ 14  แห่งฝรั่งเศส ให้ทรงส่ง พระราชสาสน์และเครื่องราชบรรณาการมาถวายพระมหากษัตริย์แห่งกรุงสยาม  นอกจากนี้ท่านยังเป็นผู้เชิญพระสมณะสารของสมเด็จพระสันตะปาปาเคลเมนต์ที่ 9 มาทูลเกล้าฯ ถวายสมเด็จพระนารายณ์ด้วย  ฝ่ายสมเด็จพระนารายณ์เมื่อทรงทราบว่า พระสังฆราชฝรั่งเศส 2 องค์ มีสาสน์และเครื่องบรรณาการมาถวายก็มีรับสั่งให้เข้าเฝ้าอย่างสง่า ในวันที่ 18 ตุลาคม ค.ศ. 1673  ตามพระสังฆราชประเพณีสมัยนั้น ผู้เข้าเฝ้าจะต้องถอดรองเท้า  และหมอบกราบลง  หน้าจรดพื้น แต่สมเด็จพระนารายณ์โปรดเกล้าฯ อนุญาตให้พระสังฆราชทั้งสอง “ไม่ต้องถอดรองเท้า ให้นั่งบนพรมที่ปักอย่างงามวิจิตร  และแสดงความเคารพตามธรรมเนียมยุโรป” ทั้งนี้ โดยเห็นแก่ศักดิ์ของผู้ที่พระสังฆราชทั้งองเป็นผู้แทน พระสังฆราชปัลลือ และพระสังฆราชลังแบรต์ ได้รับพระราชทานเสื้อไหมสีม่วง ส่วนคุณพ่อลาโน  ได้รับพระราชทานเสื้อไหมสีดำ
 
กรุงโรมตั้งเทียบสังฆมณฑลสยาม
วันที่ 4 กรกฎาคม ค.ศ. 1669  กรุงโรมได้ตั้ง  “เทียบสังฆมณฑลสยาม” และให้พระสังฆราช ปัลลือ และพระสังฆราช ลังแบรต์  แต่งตั้งประมุขมิสซังองค์หนึ่งสำหรับมิสซังนี้  อาศัยอำนาจที่ได้รับ พระสังฆราชทั้งสองได้ตกลงเห็นชอบและแต่งตั้งคุณพ่อลาโน ให้เป็นประมุขมิสซังสยามในปี        ค.ศ. 1673  แต่พระสังฆราชองค์ใหม่ยังคงถือว่าตนเป็นผู้ช่วยของพระสังฆราช ลังแบรต์ อยู่
 
พระสังฆราชได้ป่วยมาเป็นเวลาหลายเดือน ท่านมีความเพียรทนต่อความเจ็บปวดอย่างน่าพิศวงพระสงฆ์องค์หนึ่งกล่าวว่า “ท่านได้ทนทรมานเท่าที่ท่านจะทนทรมานได้” และในวันที่ 15 มิถุนายน ค.ศ. 1679  ท่านก็ได้ถึงแก่มรณภาพ  พระเจ้าแผ่นดินทรงโปรดเกล้าฯ ให้นายทหารคนสำคัญเป็นผู้แทนพระองค์มาในพิธีปลงศพด้วย
 
พระสังฆราชลาโน  ประมุของค์แรกของมิสซังสยาม
พระสังฆราช ลาโน  เดินทางมาถึงกรุงศรีอยุธยาวันที่ 27  มกราคม ค.ศ. 1664  พร้อมกับพระสังฆราชปัลลือ  ท่านได้รับแต่งตั้งเป็นอธิการองค์แรกของสามเณราลัยที่อยุธยา  ท่านเป็นผู้สร้างวัดที่พิษณุโลกในรูปแบบเดียวกับที่อยุธยา  คือ มีทั้งโบสถ์  โรงเรียนชาย-หญิง  และโรงพยาบาล และเป็นผู้สร้างวัดคอนเซ็ปชัญ และโรงพยาบาลที่บางกอก
ได้รับอภิเษกเป็นพระสังฆราชในปี ค.ศ. 1674  เป็นประมุขมิสซังสยาม  และมิสซังนานกิง  ในประเทศจีน  จนถึงปี ค.ศ. 1679  กรุงโรมได้แต่งตั้งท่านเป็นประมุขมิสซังโคชินไชนา  และมิสซังญี่ปุ่นด้วย  เมื่อพระสังฆราช ลัแบรต์  มรณภาพแล้ว  พระสังฆราช ลาโน  ยังได้รับแต่งตั้งเป็นผู้ปกครองทั่วไปในมิสซังต่างๆ  ในประเทศจีน  ร่วมกับพระสังฆราช ปัลลือ ด้วย  ดังนั้นวัดนักบุญยอแซฟจึงเป็นศูนย์กลางของมิสซังในภาคตะวันออกไกล
 
ความเจริญก้าวหน้าของกลุ่มอยุธยา
1.  จำนวนมิชชันนารีเพิ่มขึ้น
เมื่อพระสังฆราช ปัลลือ  และพระสังฆราช ลาโน  เดินทางมาประเทศสยามในปี ค.ศ. 1664  นั้นมีมิชชันนารีติดตามมาด้วย 7 องค์  แต่เสียชีวิตกลางทาง 5 องค์  จึงเหลือมิชชันนารีเพียง 2 องค์  ในระหว่างปี ค.ศ. 1674-1679  มีมิชชันนารีเดินทางเข้ามาช่วยงานอีก 11 องค์  ต่อมาได้เสียชีวิตไป 4 องค์
และเดินทางไปประเทศจีน 2 องค์ ในปี ค.ศ. 1680 – 1688  มีมิชชันนารีฝรั่งเศสอยู่ในประเทศสยามทั้งหมด 15-20 องค์
 
2.  สร้างวัดนักบุญยอแซฟเป็นตึกถาวร
ด้วยพระเมตตาของสมเด็จพระนารายณ์ หลังจากที่พระสังฆราชลังแบรต์มรณภาพแล้ว  พระสังฆราชลาโน ได้ก่อสร้างวัดนักบุญยอแซฟหลังใหม่อย่างถาวร  ทำพิธีเสกและเปิดวันที่ 25 มีนาคม ค.ศ. 1685  คุณพ่ออันโตนีโอ ปินโต  กล่าวว่า: “แม้วัดนี้จะเห็นข้อบกพร่อง และขาดเครื่องประดับทั้งภายในและภายนอกก็ตาม แต่ในประเทศสยาม ยังไม่มีวัดหรืออาคารใดเปรียบเทียบกับวัดนี้ได้  ชาวโปรตุเกสเห็นว่าวัดนี้สวย มีข้าราชการและสตรีในพระราชวังมาที่วัดนี้บ่อยๆ”
 
แม้ว่าจะมีอุปสรรคมากมาย และเกิดการเบียดเบียนศาสนาขึ้น หลังจากที่สมเด็จพระนารายณ์สวรรคตแล้วในปี ค.ศ. 1688 ก็ตาม  แต่การประดับตกแต่งทั้งภายในและภายนอกวัดก็ยังคงดำเนินต่อไปจนสำเร็จ
 
3.  สร้างโรงเรียนครูคำสอนในเขตวัดอยุธยา
สิ่งหนึ่งที่พระสังฆราช ลาโน จัดตั้ง คือ คณะครูคำสอน ท่านรับเป็นธุระในการอบรมชายหนุ่มจำนวนประมาณ 10 คน  ซึ่งเป็นศิษย์เก่าของบ้านเณรใหญ่ เรื่องนี้ถือว่าเป็นเรื่องที่สำคัญมาก เพราะพระสงฆ์มีจำนวนน้อย  ถ้าหากว่าในสมัยแรกๆ นั้น ฆราวาสไม่ได้ช่วยพระสงฆ์ในการประกาศศาสนาและอื่นๆ  มิสซังจะเจริญก้าวหน้าอย่างที่เป็นอยู่ทุกวันนี้หรือ?
 
4.  สร้างสามเณราลัยใหญ่ที่มหาพราหมณ์
บ้านเณรที่กรุงศรีอยุธยานั้น รวมถึงวัด บ้านพักพระสงฆ์ สำนักพระสังฆราช และโรงเรียนด้วย  ทั้งคริสตังและคนต่างศาสนาพากันมาที่นั่นไม่ขาดสาย  พวกเณรจึงขาดความสงบ ไม่มีสมาธิใน       การเรียน พระสังฆราช ลาโน  จึงตัดสินใจสร้างบ้านเณรใหญ่ขึ้นที่ตำบลมหาพราหมณ์ ซึ่งอยู่ห่างจากอยุธยาประมาณ 10 กม.  บนที่ดินที่สมเด็จพระนารายณ์ได้พระราชทานให้
 
ในเวลานั้นมีสามเณรเล็กและใหญ่อย่างละเท่าๆ กัน คือประมาณ 30 คน ในปี ค.ศ. 1686  จำนวนสามเณรมีเกือบถึง 80 คน ในบรรดาอาจารย์บ้านเณร มีคุณพ่อดือแชสน์  ซึ่งเป็นนักเทวศาสตร์และนักกฎหมายพระศาสนจักรที่เชียวชาญ  และคุณพ่อปัสโกต์  ทุกเดือนท่านจัดให้เณรโต้วาทีเกี่ยวกับเรื่องปรัชญา  หลักสูตรของบ้านเณรที่ทราบแน่ชัดคือ มีการสอนภาษาลาติน ปรัชญา  และเทวศาสตร์ พระสังฆราช เดอ ซีเซ  กล่าวว่า “บ้านเณรแห่งนี้มีวิทยฐานะเทียบเท่าวิทยาลัยต่างๆ ในมหาวิทยาลัยปารีส” เพราะฉะนั้น คงมีการสอนทุกอย่างที่เกี่ยวกับความรู้เรื่องมนุษย์ และเรื่องโลก (วิทยาศาสตร์ ประวัติศาสตร์ และภูมิศาสตร์)   
 
5.  จัดการโต้วาทีครั้งใหญ่
บรรดาอธิการของคณะดอมินิกัน ฟรัสซิสกัน และเยซูอิต  ซึ่งเป็นชาวโปรตุเกสในกรุงศรีอยุธยา แสดงความสงสัยว่า  สามเณรใหญ่ที่กำลังเรียนอยู่ในบ้านเณรใหญ่ของพระสังฆราช ลาโน นั้น คงไม่มีความรู้สึกซึ้งแต่อย่างใดในเรื่องภาษาลาติน ปรัชญา และเทวศาสตร์ พระสังฆราช ลาโน จึงจัดให้มีการโต้วาทีในโอกาสที่ทูตฝรั่งเศสเดินทางมาถึงกรุงศรีอยุธยาใน ปี ค.ศ. 1685  โดยมีการโต้วาทีเป็นภาษาลาตินในระหว่างอธิการทั้งสามของคณะนักบวชโปรตุเกสฝ่ายหนึ่ง กับบรรดาสามเณรใหญ่ ต่อหน้าคณะทูตฝรั่งเศสและโปรตุเกส  สมเด็จพระนารายณ์ก็ทรงส่งผู้แทนมาฟังด้วย พระสงฆ์คณะฟรังซิสกันเป็นฝ่ายเริ่มก่อน โดยตั้งปัญหาปรัชญาและเทวศาสตร์หลายข้อ แต่พวกสามเณรก็ตอบได้ทุกปัญหา จึงให้พระสงฆ์คณะเยซูอิตเป็นผู้ตั้งปัญหาต่อ  แต่ก็ไม่สามารถเอาชนะได้อีกเช่นกัน  เมื่อมาถึงปัญหาของอธิการคณะดอมินิกัน  ท่านตั้งใจจะให้บรรดาสามเณรตอบปัญหาไม่ได้  จึงตั้งปัญหายากๆ แต่กลับตรงกันข้าม บรรดาสามเณรสามารถตอบปัญหาได้หมดทุกข้อ และอย่างชัดเจน จนคณะอธิการทั้งสามคณะได้กล่าวชมเชยในความรู้ และความเฉลียวฉลาดของบรรดาสามเณร  ทั้งชมความสามารถของอาจารย์ ที่ได้ประสบผลสำเร็จอันงดงามเช่นนี้  ส่วน เดอ ชัวซี (Abbe de Choisy)  ที่เดินทางมาพร้อมกับทูตฝรั่งเศส ถึงกับกล่าวว่า “ข้าพเจ้าคิดว่ากำลังอยู่ที่สามเณราลัย แซงต์ ลาซาร์ ที่กรุงปารีสเสียอีก”
 
สามเณรคนหนึ่งเป็นที่สังเกตของคนทั้งหลาย  สามารถตอบปัญหาต่างๆ ได้อย่างยอดเยี่ยม เขาชื่ออันโตนิโอ  ปินโต  บิดาเป็นชาวโปรตุเกส  มารดาเป็นคนไทย  ต่อมาเขาได้ติดตามคณะทูตไทย รุ่นแรกไปประเทศฝรั่งเศส และได้บรรยายความรู้ในเรื่องทางเทวศาสตร์ ที่สามเณราลัยคณะมิสซังต่างประเทศ ที่อาสนวิหารนอตร์ดาม  และที่มหาวิทยาลัยซอร์บอน ต่อมา ปินโต ได้บรรยายความรู้ทางเทวศาสตร์อีกครั้งหนึ่งเฉพาะพระพักตร์สมเด็จพระสันตะปาปา คณะพระคาร์ดินัล และปราชญ์ผู้ยิ่งใหญ่ที่กรุงโรม มีผู้เขียนไว้ว่า “พระสันตะปาปาทรงพอพระทัยมาก ถึงกับรับสั่งให้บวชอันโตนิโอเป็นพระสงฆ์ มีอายุเพียง 22 ปี  ทั้งนี้ เป็นการยกเว้นที่ไม่เคยได้ยินมาก่อน  พระองค์ทรงถือว่า ปินโตสมควรจะได้เป็นสังฆราชสืบแทนประมุขมิสซังองค์ใดองค์หนึ่ง”
พระสังฆราช ลังแบรต์ และพระสังฆราช ลาโน  ได้ตั้งกลุ่มคริสชนอยุธยาบนรากฐานที่มั่นคงแม้จะเกิดการเบียดเบียนศาสนาและการปล้นต่างๆ แต่คริสตชนกลุ่มนี้สามารถรื้อฟื้นขึ้นใหม่ พระสังฆราชลาโน  ถึงแก่มรณภาพวันที่ 16 มีนาคม ค.ศ. 1696  พิธีปลงศพเป็นไปอย่างสง่า คุณพ่ออันโตนิโอ ปินโต  เป็นผู้กล่าวคำไว้อาลัยศพของพระสังฆราชฝังไว้ในวัดนักบุญยอแซฟ ที่อยุธยา
 
เหตุการณ์ในสมัยพระสังฆราช เดอ ซีเซ (ค.ศ. 1700-1727)
กษัตริย์กรุงสยามที่ขึ้นครองราชย์สืบต่อจากสมเด็จพระนารายณ์  พระองค์ได้ประกาศอย่างเป็นทางการ “ห้ามมิให้มิชชันนารีไปเผยแพร่ศาสนาในที่แห่งใหม่  และห้ามมิให้ไปประกาศศาสนาห่างไกลจากราชสำนัก”  พระสังฆราชจึงใช้วิธีส่งครูคำสอนไปทำงานแพร่ธรรมตามวัดน้อยต่างๆ  ที่เปิดแล้ว  คำสั่งห้ามของพระเพทราชานี้ได้มีผลบังคับใช้มาตลอดทุกรัชสมัยกรุงศรีอยุธยา
 
ที่วัดอยุธยาในสมัยนั้น มีครอบครัวฝรั่งอยู่ประมาณ 20 ครอบครัว  มีคริสตังไทยประมาณ 80 – 90 คน  มีคริสตังญวนประมาณ 500 คน  คริสตังเหล่านี้ได้มาร่วมศาสนาพิธีที่วัดอย่างสม่ำเสมอ   เวลาค่ำยังมาชุมนุมสวดภาวนาพร้อมกัน  หมู่บ้านคริสตังที่อยุธยานี้จัดตามแบบหมู่บ้านคริสตังใน     อินโดจีน คือ มีหัวหน้าคนหนึ่งกับรองหัวหน้าจำนวนหนึ่ง ปกครองภายใต้การควบคุมดูแลของพระสงฆ์ หัวหน้าและรองหัวหน้าต้องรู้เรื่องทั้งที่เกิดขึ้นในหมู่บ้านคริสตัง ต้องมีหน้าที่ชำระข้อพิพาท  ปรับค่าสินไหมคนที่ทำผิดให้ติดชื่อ หรือติดคุก  นอกจากนี้ ยังมีหน้าที่เป็นผู้นำสวดพร้อมกัน  เยี่ยมคนป่วย  พยาบาลคนไข้ให้ตามในศีลในพรของพระ  และรายงานให้พระสงฆ์ทราบถึงความเป็นไปของคริสตังทุกคน
 
การกลับใจที่อยุธยามีน้อยมาก  พระสังฆราช เดอ ซีเซ ได้บันทึกไว้ว่า “ตั้งแต่ข้าพเจ้าอยู่ที่นี่ 12 ปี  มีผู้ใหญ่กลับใจไม่ถึง 100 คน”  ปี ค.ศ. 1723  คุณพ่อ โอมองต์  ได้โปรดศีลล้างบาปให้แก่ผู้ใหญ่    9 คน  พระสังฆราชและมิชชันนารีไปเยี่ยมคนป่วยถึงบ้าน  ทั้งในเมืองและตามหมู่บ้านรอบๆ  ในรัศมีประมาณ 20 กม.  โดยไม่คิดค่ารักษาพยาบาล และแจกยารักษาโรคให้ด้วย  พระสังฆราช เดอ ซีเซ  กล่าวว่า  “ข้าพเจ้าระวังมิให้ใครเปลี่ยนแปลงปฏิบัติแสดงเมตตาจิตอันนี้”  ซึ่งพระสังฆราช ลาโน เป็นผู้ตั้งขึ้น
 
เหตุการณ์ในสมัยพระสังฆราช เดอ เกราเล (ค.ศ. 1727-1736)
ในสมัยนี้ พระสังฆราช พระสงฆ์  และบรรดาคริสตังถูกเบียดเบียนอย่างหนัก
 
1.  ตอนแรกของการเบียดเบียน
พระสังฆราชและมิชชันนารีไม่ได้คาดคิดมาก่อนว่าจะมีการเบียดเบียน  เพราะในปี ค.ศ. 1727-1728  การติดต่อกับข้าราชการและบรรดาเจ้านายต่างๆ  ในพระราชวังยังเป็นไปด้วยดี  ต่อมาได้มีการเปลี่ยนแปลงอัครเสนาบดีคนใหม่  และพระอนุชาพระองค์หนึ่งของพระเจ้าแผ่นดิน  ได้ตั้งตัวเป็นศัตรูกับมิชชันนารีและคริสตัง  สาเหตุ 2 ประการนี้  ทำให้สถานการณ์เปลี่ยนแปลงไปหมดสิ้น
 
การเบียดเบียนเริ่มขึ้น คือ สามเณรเชื้อสายจีนคนหนึ่งชื่อ เต็ง มารดาได้ยกให้พระสังฆราช โดยได้รับพระบรมราชานุญาต ต่อมาครอบครัวของสามเณรเต็งต้องการขอตัวคืน พระอนุชาองค์นั้นสนับสนุนคำขอนี้  สามเณรเต็งได้ออกจากบ้านเณร  เข้าเฝ้าพระอนุชา  พระอนุชาสั่งให้ถอดเสื้อดำ  ให้เหยียบกางเขนและไว้พระพุทธรูป  สามเณรเต็งก็เคารพเชื่อฟัง  และยังยอมสวมผ้าเหลือด้วย  และเมื่อเจ้านายที่เคยเบียดเบียนสามเณรเต็ง  กับเสนาบดีคนใหม่  ได้อ่านหนังสือบางเล่มที่พระสังฆราช ลาโน  เขียนกล่าวถึงพระพุทธศาสนา  ก็รู้สึกขุ่นเคืองบรรดามิชชันนารีมากขึ้น
 
2.  การสอบสวนพระสังฆราช พระสงฆ์ และอนุสงฆ์ ในปี ค.ศ. 1730
การห้ามที่สำคัญ  และมีผลบังคับใช้จนถึงปี ค.ศ. 1932
ต้นเดือนตุลาคม  ค.ศ. 1730  พระสังฆราช เดอ เกราเล , คุณพ่อ เลอแมร์ และอุปสงฆ์ 2 องค์ กับรองอุปสงฆ์ 1 องค์  ถูกเรียกตัวขึ้นศาล  ซึ่งมีอัครเสนาบดีนั่งเป็นประธาน  อัครเสนาบดีได้ไต่ถามพระสังฆราชหลายอย่าง และตำหนิว่าทำการหลอกลวงประชาชน  บังคับคนไทยให้ถือศาสนาคาทอลิก ฯลฯ ที่สุด  อัครเสนาบดีกำชับพระสังฆราช เกราเล  ในนามของพระเจ้าแผ่นดินว่า:
 
1. ไม่ให้เขียนหนังสือคาทอลิกเป็นภาษาไทยและภาษาบาลี
2. ไม่ให้ประกาศศาสนาคาทอลิกแก่คนไทย มอญ  และลาว
3. ไม่ให้ชักชวนคน 3 ชาติ  มาเข้าศาสนาเป็นอันขาด
4. ไม่ให้โต้แย้งศาสนาไทย
 
เมื่ออ่านข้อห้ามทั้ง 4 ให้ฟังแล้ว  อัครเสนาบดีถามว่า “พระสังฆราชจะตอบว่ากระไร?  จะยอมเชื่อฟังพระบรมราชโองการของพระเจ้าแผ่นดินหรือไม่?" พระสังฆราชตอบว่า “เนื่องจากคำถามนี้มีความสำคัญมาก อาตมาขอเวลาคิดให้รอบคอบก่อนสัก 2-3 วัน  อัครเสนาบดียังคงรบเร้าให้พระสังฆราชตอบ ขุนนางผู้หนึ่งชื่อจักรี  เสริมว่า  “ถ้าท่านเคารพเชื่อฟังพระเจ้าแผ่นดิน  ท่านจะมีชีวิตอย่างผาสุกเหมือนดังแต่ก่อน ถ้าท่านไม่ยอมนำพระทัยของพระเจ้าแผ่นดินก็คือ ตัดหัวท่าน”  พระสังฆราชตอบว่า “ถ้าเช่นนั้นก็เป็นการสมควรให้เรากลับไปบ้านเมืองของเรา  ถ้าไม่ยอมให้เรากลับไป ก็ขอให้ฆ่าเราเสีย เพราะเราจะยอมตามที่ท่านเสนอนี้ไม่ได้”  อัครเสนาบดีถามว่า “พระสงฆ์อื่นๆ มีความเห็นอย่างเดียวกันนี้ด้วยหรือ? พระสงฆ์ทุกองค์ตอบว่า “มีความเห็นอย่างเดียวกันกับพระสังฆราช” อัครเสนาบดี จดชื่อเขาไว้ แล้วให้กลับไป  วันรุ่งขึ้นคริสตังหลายคนถูกจับ สามเณราลัยถูกค้นและยึดเอาหนังสือไป
 
 
วัดนักบุญยอแซฟ อยุธยา ในสมัยกรุงรัตนโกสินทร์
ตั้งแต่วัดนักบุญยอแซฟที่พระสังฆราช ลาโน  สร้างถูกทำลายเป็นเถ้าถ่าน ในปี ค.ศ. 1767 นั้น  จนถึงปี ค.ศ. 1830  ไม่มีพระสงฆ์อยู่ที่กรุงศรีอยุธยาอีกเลย ทั้ง ๆ  ที่ยังมีคริสตังหลงเหลืออยู่จำนวนหนึ่ง  แต่กระจัดกระจายอยู่ในเขตจังหวัดอยุธยา  ไม่ได้รวมตัวกันเป็นกลุ่มเหมือนแต่ก่อน
 
พระสังฆราช บรรดามิชชันนารี และนักบวชโปรตุเกส ก็ถูกจับเป็นเชลย เมืองหลวงถูกทำลาย พระเจ้าตากสินโจมตีทหารพม่าแต่พ่ายไป  และทรงตั้งเมืองบางกอกขึ้นเป็นเมืองหลวงใหม่
 
บรรดามิชชันนารีที่เคยสอนที่บ้านเณร  และบรรดาสามเณรได้หนีไปอยู่ที่จันทบุรี และเปิดสามเณราลัยใหม่ที่นั่น ส่วนคริสตังโปรตุเกสที่ออกจากอยุธยาได้ทัน ได้นำเอารูป  “พระตาย” ที่มีความสวยงามที่สุดไปด้วย  และหนีลงมาที่บางกอก ขอพระราชทานที่ดินจากพระเจ้าตากสิน เพื่อเป็นที่อยู่อาศัยและสร้างวัดพระองค์ได้พระราชทานที่ดิน 9 ไร่เศษ  กลุ่มคริสตังได้สร้างวัดขึ้นหลังหนึ่งบนที่ดินผืนนี้  เป็นวัดไม้ ยกพื้นสูง วัดนี้รู้จักกันในปัจจุบันว่า “วัดกาลหว่าร์” ในเวลานั้น มีคริสตังไทยเชื้อสายโปรตุเกส 413 คน และคริสตังญวนที่หนีลงมาด้วยกันอีก 580 คน
 
เมื่อคุณพ่อ กอร์  กลับจากประเทศเขมร และได้พาคริสตังโปรตุเกสในเขมร พร้อมทั้งคนรับใช้ของพวกเขาเหล่านั้นมาด้วย ด้วยความมีพระทัยเมตตากรุณาของพระเจ้าแผ่นดิน พระองค์ได้ทรงพระราชทานที่ดินให้พวกเขาเหล่านั้นสร้างวัด  และที่พักอาศัย อันเป็นต้นกำเนิดของวัดคอนเซ็ปชัญ ในปัจจุบัน ส่วนคริสตังโปรตุเกสที่หลบหนีจากการโจมตีของพม่าคราวเสียกรุงครั้งที่ 2 ได้มาตั้งบ้านเรือน และสร้างวัดใหม่ที่ซางตาครู้ส ดังนั้นในกรุงเทพฯ มีถึง 3 วัดในเวลานั้น พระสงฆ์ทั้งที่เป็นชาวต่างชาติ และพระสงฆ์พื้นเมืองก็มีจำนวนน้อย บางครั้งต้องอาศัยมิชชันนารีจากอินโดจีนมาช่วยฟังแก้บาป
 
เมื่อเราพิจารณาจากอุปสรรคต่างๆ ในการเผยแพร่ศาสนาแล้ว เป็นต้น การที่บรรดามิชชันนารีถูกใส่ความ ถูกจำคุก และถูกเนรเทศ จะเห็นได้ว่า การที่จะกลับไปแพร่ธรรมที่อยุธยาในเวลานั้น เป็นเรื่องที่ลำบาก ต้องคอยจนกว่าสถานการณ์ในประเทศจะสงบลง และให้พระศาสนจักรได้ตั้งรากฐานที่มั่นคงในกรุงเทพฯ เมืองหลวงใหม่เสียก่อน เพื่อคอยโอกาสอันเหมาะสม คือ ปี ค.ศ. 1830
  
ตั้งหมู่บ้านคริสตังที่อยุธยา
ในปี ค.ศ. 1830  คุณพ่อปัลเลอกัว  ซึ่งเพิ่งเดินทางมาถึงกรุงเทพฯ และเรียนรู้ภาษาไทยดีพอสมควร ได้ขอพระคุณเจ้า ฟลอรังส์ ไปอยู่อยุธยา ซึ่งไม่มีพระสงฆ์สักองค์ไปอยู่เลย  นับตั้งแต่เมืองถูกพม่าเผ่าทำลาย  คริสตังที่นั่นอยู่ในสภาพที่แย่มาก ทั้งทางด้านวัตถุและด้านจิตใจ สิ่งแรกที่คุณพ่อ  ได้ทำ คือ เริ่มซื้อที่ดินรอบๆ  วัดเก่า ซึ่งเคยเป็นที่ตั้งของหมู่บ้านคริสตังมาก่อน แต่หลังจากที่คริสตังญวนที่ไม่ได้ตกเป็นเชลย ได้หนีอพยพไปอยู่บริเวณอื่นตั้งแต่ปี ค.ศ. 1767 แล้ว  ก็มีผู้มายึดเอาที่ดินผืนนั้นเป็นกรรมสิทธิ์  คุณพ่อปัลเลอกัว  เริ่มแผนการก่อสร้างวัดด้วยการซื้อที่ดินผืนดังกล่าวกลับคืนมา  และรวบรวมคริสตังญวนที่อยู่กระจัดกระจายให้มาอยู่รวมกันเป็นหมู่บ้านคริสตัง ในปี ค.ศ. 1834  เมื่อพระสังฆราช ฟลอรังส์ ถึงแก่มรณภาพแล้ว  พระสังฆราช กูรเวอซี  ได้รับอภิเษกเป็นพระสังฆราชองค์ต่อมา พระสังฆราชได้เรียกคุณพ่อปัลเลอกัว  กลับมาอยู่ที่ซางตาครู้ส  เพื่อจัดการสร้างวัดไม้ แทนวัดหลังเก่าที่ผุพัง พระสังฆราชกูรเวอซี  ได้รับมอบหมายจากสมณะกระทรวงเผยแพร่ความเชื่อ ให้เตรียมแบ่งแยกมิสซังสยามออกเป็น 2 ส่วน ดังนั้นใน ปี ค.ศ. 1835  พระสังฆราช กูรเวอซี ได้แต่งตั้งคุณพ่อ ปัลเลอกัว เป็นอุปสังฆราช เพื่อดูแลพระศาสนจักรในสยามเป็นพิเศษ และท่านได้เดินทางไปสิงคโปร์
 
คุณพ่อ อัลแบรต์ เจ้าอาวาสองค์ที่หนึ่ง (1835-1851)
ปี ค.ศ. 1835  คุณพ่อปัลเลอกัว  ซึ่งเป็นอุปสังฆราชได้ให้คุณพ่ออัลแบรต์  พระสงฆ์ไทยมาปกครองคริสตังกลุ่มเล็กๆ  ที่อาศัยอยู่รอบๆ วัดนักบุญยอแซฟหลังเก่าซึ่งถูกทำลายไป
 
สร้างวัดนักบุญยอแซฟหลังใหม่ บนรากฐานเดิมของวัดหลังเก่า
พระสังฆราช ปัลเลอกัว  ได้สร้างวัดใหม่เป็นอิฐ ท่ามกลางซากปรักหักพังของวัดหลังเก่าที่พระสังฆราชองค์ก่อนๆ ได้สร้างไว้ มีหอระฆังและที่โปรดศีลล้างบาปด้วย พระสังฆราชปัลเลอกัว เห็นว่าวันนี้ควรเป็นวัดแก้ศีลบน สร้างขึ้นบนอุโมงค์ที่บรรจุศพของประมุขมิสซัง 8 องค์แรก และของพระสงฆ์ มิชชันนารี กับบรรดาสัตบุรุษอื่นๆ อีกเป็นจำนวนมาก อิฐที่ใช้สร้างวัดเป็นอิฐของสามเณราลัยเก่าที่ถูกทำลายไป
 
หลังจากที่สร้างวัดเสร็จแล้ว ไม่กี่ปีต่อมา ครอบครัวคริสตังประมาณ 10 ครอบครัวจากค่าย    วัดนักบุญฟรังซิสเซเวียร์ได้ย้ายมาอยู่ข้างวัดอยุธยา ในความปกครองของคุณพ่ออัลแบรต์  นอกจากนี้ยังมีครอบครัวของคริสตังที่กลับใจใหม่อีกประมาณ 10  ครอบครัว  ดังนั้นในราวปี ค.ศ. 1850  วัดอยุธยามีคริสตังประมาณ 200 คน  มีคุณพ่ออัลแบรต์  เป็นเจ้าอาวาสสองค์แรก
 
คุณพ่อ ลาร์โนดี  เจ้าอาวาสองค์ที่ 2 (ค.ศ. 1851-1861)
เมื่อคุณพ่ออัลแบรต์ ถึงแก่มรณภาพแล้ว  พระสังฆราชปัลเลอกัว  ได้ให้คุณพ่อ ลาร์โนดี  ย้ายจากวัดปากเพรียว  ซึ่งอยู่ทางเหนือของสระบุรี  มาเป็นเจ้าอาวาสวัดอยุธยา  คุณพ่อ ลาน์โนดี  เป็นพระสงฆ์ที่เก่ง  และมีความรู้ในวิชาวิทยาศาสตร์  และชำนาญในการทดลองต่างๆ  นอกจากการอภิบาลสัตบุรุษแปลคำสอนให้แก่ผู้ใหญ่และเยาวชน  ท่านยังสอนสัตบุรุษที่มีฝีมือประณีต  ให้รู้จักทำการชุบเงินชุบทองโดยวิธีไฟฟ้า-เคมี  สอนให้รู้จักซ่อมนาฬิกา ซ่อมเครื่องจักรกลต่างๆ  ทำให้ข้าราชการหลายคนชอบมาดูและชมฝีมือของท่าน  นอกจากนี้ ท่านยังได้จัดส่งพันธุ์ไม้ นก ปลา  จากเมืองไทยไปให้พิพิธภัณฑ์ชีววิทยาของกรุงปารีส  มีปลาชนิดหนึ่งซึ่งยังไม่มีใครรู้จักชื่อ แต่คุณพ่อลาร์โนดี  เป็นผู้พบจากประเทศสยาม ปลานั้นจึงได้รับชื่อว่า “ปลาลาร์โนดี”  ตามชื่อของคุณพ่อซึ่งเป็นผู้ค้นพบ
 
ใน ปี ค.ศ. 1861  พระเจ้าแผ่นดินได้ขอให้ท่านเป็นล่าม ร่วมเดินทางไปกับคณะทูตเพื่อไปฝรั่งเศส  คุณพ่อลาร์โนดี  เป็นผู้เปิดบัญชีศีลศักดิ์สิทธิ์ของวัดอยุธยาในปี ค.ศ. 1851  แต่ไม่ใช่เป็นบัญชีแรกของวัดนี้  เพราะบัญชีแรกๆ เชื่อว่าเปิดในสมัยที่คุณพ่อปัลเลอกัว มาดูแลและในสมัยของคุณพ่ออัลแบรต์  แต่ตัวอักษรอ่านไม่ออกแล้ว  เพราะใช้กระดาษหรือนำหมึกไม่ดี
 
คุณพ่อซีมอน เจ้าอาวาสองค์ที่ 3 (ค.ศ. 1861-1863)
คุณพ่อซีมอน เป็นพระสงฆ์ไทย
 
คุณพ่อยออากิม  เจ้าอาวาสองค์ที่ 4  (ค.ศ. 1863-1871)
คุณพ่อยออากิม  เป็นพระสงฆ์ ในสมัยของท่าน ได้รับรองการโปรดศีลล้างบาปให้แก่คริสตัง วัดเจ้าเจ็ดหลายคน
 
คุณพ่อแปร์โร  เจ้าอาวาสองค์ที่ 5  (ค.ศ. 1872-1894)
ในปี ค.ศ. 1872  คุณพ่อแปร์โร ได้รับแต่งตั้งเป็นเจ้าอาวาสวัดอยุธยา  ในเวลานั้นมีคริสตังจีนหลายคน (ซึ่งกลับใจเพราะคุณพ่ออัลบรังด์ ในราวปี ค.ศ.1840)  ปะปนอยู่กับคริสตังญวน  เมื่อคุณพ่อแปร์โร  เห็นซากวัดเดิมในสมัยที่ถูกพม่าเผาทำลาย และวัดเล็กๆ ของคุณพ่อปัลเลอกัว  ตั้งอยู่อย่างน่าสมเพช ท่านรู้สึกสะเทือนใจและได้สวดภาวนาวิงวอนของความช่วยเหลือจากท่านนักบุญยอแซฟ  เพื่อจะได้สร้างวัดถวายเป็นเกียรติแด่ท่าน  ให้สวยงามที่สุดตามแต่ทรัพย์สินจะอำนวย
 
คุณพ่อมาร์แตง ซึ่งเป็นอธิการของมิสซังในเวลานั้น (พระสังฆราช ดือปอง ถึงแก่มรณภาพ วันที่ 11 ธันวาคม  ค.ศ. 1872  และพระสังฆราช เวย์ ได้รับแต่งตั้งเป็นประมุขมิสซังวันที่ 17 กันยายน ค.ศ. 1875  ได้รายงานถึงกรุงปารีสว่า:
 
“ที่อยุธยา  ซึ่งเป็นจุดเริ่มต้นของมิสซังสยาม มีวัดเล็กๆ  อยู่แห่งหนึ่งสร้างด้วยอิฐ โดยพระสังฆราชปัลเลอกัว  วัดนี้สร้างบนรากฐานของวัดเก่าซึ่งใหญ่ คือ วัดนักบุญยอแซฟ  กำแพงวัดเก่าที่ล้อมรอบวัดเล็กหลังใหม่นั้นพังไปมากแล้ว  จนแทบไม่ไม่สามารถป้องกันการบุกรุกของสัตว์เดรัจฉานที่แผ่นหินสลักชื่อผู้ตายเหนือหลุมศพยังมีอยู่  แม้เวลาได้ล่วงเลยไปนานแล้วก็ตาม พระสงฆ์มิชชันนารีที่ทำงานที่อยุธยาได้ตัดสินใจสร้างวัดใหม่บนวัดเดิมที่ยังมีรากฐานมั่นคงดีอยู่ และเพื่อเก็บรักษากระดูกที่มีค่าของบรรดามิชชันนารีรุ่นก่อนๆ  ที่ฝังไว้ ณ ที่นี้ด้วย  คุณพ่อแปร์โร  จึงได้จัดการซื้อที่ดินอีกหลายแปลงซึ่งเคยเป็นของมิสซังมาก่อนในอดีตกลับคืนมา และให้คริสตังกลับมาอยู่อีกครั้งหนึ่ง แต่เนื่องจากจำนวนคริสตังเพิ่มขึ้นตลอดเวลา คุณพ่อแปร์โร  จึงเสนอให้มีการสร้างวัดตามแบบวัดหลังเก่า ขึ้นแทนวัดหลังใหม่ที่คับแคบเกินไป ปัญหาในการสร้างคือ  การหาเงินเพื่อใช้ในการบูรณะสิ่งปรักหักพังที่เป็นอยู่ของวัดหลังเก่า” คุณพ่อมาร์แตงบันทึกไว้ว่า “วัดหลังเดิมนั้นเป็นวัดที่มีนักบุญยอแซฟเป็นนักบุญองค์อุปถัมภ์ นักบุญยอแซฟเป็นผู้ปกป้องพระศาสนจักรที่ยิ่งใหญ่ก็จริง  และเมื่อมีผู้ไม่เห็นด้วยกับการบูรณะสร้างขึ้นใหม่ เนื่องจากมีเงินไม่พอ  คุณพ่อแปร์โร  กลับตอบเช่นเดียวกับที่คุณพ่อเจ้าวัดเมืองทูร์ด ตอบแก่สถาปนิกผู้สร้าง  เมื่อแลเห็นแบบแปลนขนาดมหิมาของวัดว่า: แต่ท่านนักบุญยอแซฟร่ำรวยพอ” 
 
นอกจากปกครองดูแลวัดอยุธยาแล้ว คุณพ่อแปร์โร  ยังรับภาระในการดูแลคริสตังกลุ่มเจ้าเจ็ด ซึ่งเป็นคริสตังญวนที่อพยพมาจากวัดเซนต์ฟรังซิสเซเวียร์ และคุณพ่อ ยิบารตา เป็นผู้ดูแลอภิบาลคริสตังกลุ่มนี้  แต่ต่อมาในปี ค.ศ. 1870 – 1871 คุณพ่อยิบารตา  รู้สึกเหน็ดเหนื่อย  ไม่สามารถเดินทางมาอภิบาลได้อีก จึงได้มอบให้วัดอยุธยาเป็นผู้ดูแลแทน บางครั้งคุณพ่อแปร์โร ก็ไปเยี่ยมคริสตังเหล่านั้นด้วยตนเอง  บางครั้งก็ส่งปลัดผู้ช่วยไป ท่านเห็นว่าจำนวนคริสตังกลุ่มนี้มีมากแล้ว  แต่ยังไม่มีวัด ซึ่งทำให้เกิดความลำบากสำหรับพวกคริสตังและพระสงฆ์ในการประกอบพิธีมิสซา ท่านจึงตัดสินใจสร้างวัดให้แก่คริสตชน กลุ่มนี้ในปี ค.ศ. 1874  และตั้งชื่อว่า “วัดนักบุญยวงบัปติสตา”  แต่การโปรดศีลศักดิ์สิทธิ์ได้จดรวมในบัญชีของวัดอยุธยาจนถึงปี ค.ศ. 1893
 
สร้างวัดนักบุญยอแซฟ ค.ศ. 1883-1891
คุณพ่อแปร์โร  ได้ตัดสินใจที่จะสร้างวัดนักบุญยอแซฟหลังใหม่ ก่อนอื่น ท่านได้ลงมือสร้าง วัดไม้เป็นวัดชั่วคราว เพื่อจะได้รื้อวัดของพระสังฆราชปัลเลอกัว และสร้างหลังใหม่ตรงที่วัดเดิม วางศิลาฤกษ์วันที่ 21 พฤศจิกายน ค.ศ. 1883  คุณพ่อแปร์โร  วาดแผนผังของวัดด้วยตนเอง  โดยมีสถาปนิกผู้หนึ่งตรวจรับรองท่าน  เป็นนายช่างควบคุมการก่อสร้างด้วยตนเอง  งานก่อสร้างดำเนินไปอย่างช้าๆ  เพราะขาดเงิน ในรายงานประจำปีของปี ค.ศ. 1884  พระสังฆราชเวย์รายงานว่า: 
 
งานก่อสร้างวัดที่อยุธยาเริ่มขึ้น ขณะที่ทำการขุดพื้นที่เพื่อสร้างรากฐานของวัด  มีการพบโครงกระดูกของมิชชันนารี 13 ท่าน ที่ถูกฝังไว้ที่นี่กว่า 1 ศตวรรษแล้ว โครงกระดูกบางโครงยังอยู่ในสภาพดี  
 
เพื่อแสดงความเห็นใจและให้กำลังใจแก่คุณพ่อแปร์โร เราจึงได้เดินทางไปอยุธยาด้วยตนเอง เมื่อตอนออกจากเข้าเงียบ  และไปพร้อมกับชาวคณะอีก 16 ท่าน  เพื่อทำการเสกศิลาฤกษ์วัดใหม่แห่งนี้  แบบวัดที่เลือกไว้คือเป็นแบบโรมันศตวรรษที่ 12 แม้ว่าเป็นวัดขนาดกลาง แต่ผู้รู้ทุกคนยอมรับกันว่า จะเป็นสิ่งก่อสร้างที่สวยงามและเด่นสำหรับเมือไทย เวลานี้ผนังวัดสูงถึง 3 เมตรแล้ว น่าเสียดายที่ขาดทุนทรัพย์ ขอนักบุญยอแซฟโปรดดลใจผู้มีศรัทธาช่วยบริจาคสร้างวัดที่สำคัญนี้จนเสร็จด้วยเถิด”
 
นอกจากนี้ พระสังฆราช เวย์  ยังได้เขียนรายงานถึงเรื่องความเชื่อและความทรัทธาของคริสตังผู้หนึ่งที่อยุธยาไว้ในรายงานประจำปีฉบับนี้ด้วยดังนี้:
 
“ก่อนจบรายงานเรื่องนี้ มีเหตุการณ์ที่เกิดขึ้นเร็วๆ นี้  ในเขตหลักที่อยุธยา แม้จะเป็นเรื่องไม่สำคัญนัก แต่ก็เป็นเหตุการณ์ที่แสดงให้เห็นถึงความศักดิ์สิทธิ์ของความเชื่อดังนี้:
 
คุณพ่อแปร์โร  มีจดหมายถึงเรา เล่าว่านายยอแซฟ ดำ เป็นผู้ที่พระสังฆราชรู้จักดีว่าเป็นคนยากจน แต่เขาเกิดมีแซ่(นามสกุล)  เดียวกับเศรษฐีผู้หนึ่งที่อยุธยา โดยที่นายดำมีรูปร่างหน้าตาดี จีนเศรษฐีผู้นี้จึงคิดจะรับนายดำเป็นบุตรบุญธรรม และตกลงจะมอบทรัพย์สมบัติให้เขามากมาย  นายดำจะร่ำรวยแล้ว  แต่อย่างไรก็ดี เศรษฐีผู้นี้แสดงท่าให้นายดำเข้าใจว่า เขาไม่อยากเห็นนายดำไปวัดและปฏิบัติตนเป็นคริสตัง  แน่นอนนายดำมิใช่เป็นชายหนุ่มที่มีความศรัทธาเป็นพิเศษ แต่เขากลับมีความเห็นค้านกับเศรษฐีในเรื่องเกี่ยวกับพระศาสนา หลังจากที่ครุ่นคิดอยู่เป็นเวลานานพอสมควร  เขาก็ตอบเศรษฐีอย่างฉับพลันว่า “เก็บเงินของท่านและข้าวของอื่นๆ ที่ท่านจะให้ผมไว้เถิด เพราะการบุญของท่านอาจทำให้ผมเสียความเชื่อ” เมื่อเราทราบข่าวนี้ เราขอบพระคุณพระเยซูคริสตเจ้า ที่ทรงโปรดช่วยให้เขาเอาชนะตนเองได้งดงามเช่นนี้”
 
ในปี ค.ศ. 1888  วัดชั่วคราวที่คุณพ่อแปร์โร  สร้างได้ถูกไฟไหม้ พระสังฆราช เวย์  บันทึกไว้ในรายงานประจำปี ค.ศ. 1888 ไว้ดังนี้:
 
ปีนี้ไฟไหม้วัดชั่วคราวที่คุณพ่อแปร์โร  สร้างขึ้น จนไม่เหลืออะไรเลย  วัดนี้สร้างขึ้นระหว่างรอวัดนักบุญยอแซฟหลังใหม่ที่กำลังก่อสร้างอยู่ จนกว่าจะแล้วเสร็จพร้อมที่จะประกอบจารีตพิธีทางศาสนาเด็กที่ไม่รอดคอบคนหนึ่งเข้าไปในวัดและได้จุดเทียน 2 เล่ม  หน้าพระรูปแม่พระ ไฟได้ลุกลามมาติดพระแท่น หรือไม่ก็ติดผนังกั้นวัดที่ทำด้วยไม้ที่แห้งมาก  พอรู้ว่าไฟไหม้ ก็ไม่ทันแล้ว ไฟได้เผาทุกสิ่งไปหมด คุณพ่อแปร์โร เหลือเพียงเสื้อทำมิสซาเพียงบางอย่างเท่านั้นที่ท่านเก็บไว้ในห้องของท่าน นับเป็นเรื่องที่น่าเสียใจและเป็นความเสียหายอย่างใหญ่หลวงสำหรับคุณพ่อชาวคณะผู้นี้ที่ได้ลงทุนลงแรงทั้งหมดกับการกอบกู้ซากวัดนักบุญยอแซฟ ซึ่งเป็นวัดแรกที่คณะของเราสร้างขึ้นในภาคตะวันออกไกล”
 
เสกวัดนักบุญยอแซฟ
ในที่สุด วัดนักบุญยอแซฟหลังใหม่ที่คุณพ่อแปร์โร  ได้ใช้ความเพียรพยายามในการก่อสร้าง ก็ได้เสร็จตามความตั้งใจของท่าน  ได้มีพิธีเสกอย่างสง่า พร้อมทั้งอภิเษกพระแท่นด้วย ในวันที่ 19 มีนาคม ค.ศ. 1891 ซึ่งเป็นวันฉลองนักบุญยอแซฟ โดยมีพระสังฆราช เวย์ เป็นผู้ประกอบพิธี  พระสังฆราช เวย์  ได้เขียนบันทึกเหตุการณ์ในวันนั้นไว้ในรายงานประจำปี ค.ศ. 1891  ว่าดังนี้:
 
“วันฉลองนักบุญยอแซฟ เราได้มีความยินดีเสกพระแท่นวัดที่อยุธยา  ซึ่งเป็นวัดที่มีนักบุญองค์อุปถัมภ์ เป็นองค์อุปถัมภ์ที่ยิ่งใหญ่ของพระศาสนจักรทั้งมวล การฉลองเป็นไปอย่างสง่างามและประทับใจ มีการส่งสัตบุรุษมาจากกลุ่มคริสตชนส่วนใหญ่ ทุกคนมาเพื่ออยุธยาในนามของพี่น้องสัตบุรุษของตนเอง  พวกเขามาคุกเข่าแทบเท้าบิดาเลี้ยงของพระเยซูเจ้า  เพื่อแสดงความศรัทธาและความไว้ใจของพวกเขาต่อท่านนักบุญ"
 
วัดนี้สร้างบนซากวัดที่ประมุขมิสซังรุ่นแรกๆ ของคุณได้สร้างขึ้น ด้วยความช่วยเหลือของสมเด็จพระนารายณ์ กษัตริย์แห่งประเทศสยาม  ผู้ที่เคยรู้จักกับความจริงของศาสนาคริสตัง แต่มิได้ทรงมีความกล้าหาญพอที่จะหันมานับถือ ในปี ค.ศ. 1767 ประเทศสยามถูกพม่าบุกทำลาย กลุ่มคริสตังทั้งหลายถูกทำลายหมด สำหรับวัดนักบุญยอแซฟก็เหลือแต่เพียงกำแพงบางเท่านั้น คุณพ่อแปร์โร  จัดการสร้างวัดใหม่  ท่านมีความกล้าหาญและอดทนในการทำงาน สร้างวัดขึ้นใหม่จากวัดเก่านี้  ซึ่งเป็นงานที่หนักมาก” (แผ่นหินอ่อนซึ่งอยู่เหนือประตูทางเข้าของวัดได้บันทึกเรื่องราวเกี่ยวกับการเสกวัดเป็นภาษาลาติน และแปลเป็นภาษาไทยโดยคุณพ่อทัศไนย์ คมกฤศ ได้ดังนี้ : “วัดหลังนี้สร้างขึ้นเป็นเกียรติแด่นักบุญยอแซฟแทนวัดหลังเดิมที่คณะมิชชันนารีต่างประเทศได้สร้างขึ้นโดยพระราชทรัพย์ของสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว เมื่อปี ค.ศ. 1685  และถูกชาวพม่าทำลายลงในปี ค.ศ. 1767  ต่อมานายโยอากิม  กรัสซี่ สถาปนิกได้ออกแบบสร้างขึ้น  พระสังฆราช หลุยส์  เวย์  พระสังฆราชเกียรตินามแห่งเกราซา ประกอบพิธีเสกวัดใหม่หลังนี้  เมื่อ 13  วันก่อนเดือนพฤษภาคม  ค.ศ. 1891” ดังนั้น วัน/เวลาในการเสกวัดนี้จึงควรจะเป็นวันที่ 17 เมษายน ค.ศ. 1891 มากว่าจะเป็นวันที่ 19 มีนาคม ค.ศ. 1891  ตามรายงานประจำปี..ความเห็นจากห้องเอกสารอัครสังฆมณฑลกรุงเทพฯ)
 
หลังจากสร้างวัดนี้แล้ว คุณพ่อแปร์โร  กลายเป็นสถาปนิกคนสำคัญ  ได้รับเชิญไปสร้างหอระฆังวัดคอนเซ็ปชัญ  และสร้างวัดซางตาครู้ส  ซึ่งเป็นงานก่อสร้างชิ้นสุดท้ายของคุณพ่อ แปร์โร  ด้วย
 
ในสมัยคุณพ่อแปร์โร  เป็นเจ้าอาวาสมีปลัดผู้ช่วยในการอภิบาลสัตบุรุษ การแพร่ธรรม และกิจการงานต่างๆ ของวัด 3 องค์ ด้วยกัน คือ: คุณพ่อฟิลิป ฮุม พระสงฆ์ไทย ตั้งแต่ปี ค.ศ. 1872-1884 คุณพ่อมิแชล โทว  พระสงฆ์ไทย ตั้งแต่ปี ค.ศ. 1882-1892  , คุณพ่อมาตรา (Matrat) พระสงฆ์ MEP. ในปี ค.ศ. 1888 
 
ในปี ค.ศ. 1893  คุณพ่อแปร์โร  เดินทางไปพักผ่อนที่ประเทศฝรั่งเศสอันเป็นบ้านเกิดเมืองนอนของท่าน เมื่อกลับมาถึงประเทศสยามแล้ว ท่านได้รับแต่งตั้งเป็นเจ้าอาวาสวัดซางตาครู้ส ในปี ค.ศ. 1899  ท่านป่วยหนัก และเสียชีวิตในวันที่ 24 เมษายน ค.ศ. 1899  ศพของท่านถูกนำไปฝังที่อยุธยา  และฝังไว้ในคูหาซึ่งท่านได้เตรียมไว้สำหรับตนเองในวัดอยุธยาใกล้ๆกับที่บรรจุกระดูกของพระสังฆ ราชองค์แรกๆ  และของมิชชันนารีหลายองค์ ซึ่งท่านได้เก็บไว้ขณะที่สร้างวัดนักบุญยอแซฟ
 
คุณพ่อกีญารด์(GUIGNARD) เจ้าอาวาสองค์ที่ 6 (ค.ศ. 1893-1894)
คุณพ่อกีญารด์ ย้ายมาเป็นเจ้าอาวาสแทนคุณพ่อ แปร์โร  แต่เนื่องจากสุขภาพของท่านไม่แข็งแรง พระสังฆราช เวย์  จึงเรียกท่านกลับกรุงเทพฯ เพื่อรับหน้าที่ผู้ช่วยเหรัญญิกของมิสซัง
 
คุณพ่อเปริกัล(PEYRICAL) เจ้าอาวาสองค์ที่ 7 (ค.ศ. 1894-1899)
เมื่อคุณพ่อกีญารด์  ต้องกลับไปกรุงเทพฯ คุณพ่อเปริกัล  ก็ได้รับแต่งตั้งเป็นเจ้าอาวาสวัดอยุธยาแทน ท่านได้ลอกบัญชีศีลศักดิ์สิทธิ์ของวัดใหม่ เพราะบัญชีเก่าชำรุดเสียหาย
 
คุณพ่อ แบส์แรส์ต  (BESREST)   เจ้าอาวาสองค์ที่ 8  (ค.ศ. 1900-1906)
คุณพ่อแบส์แรส์ต  ได้รับแต่งตั้งเป็นเจ้าอาวาสในปี ค.ศ. 1901   ท่านได้เดินทางไปประกาศ พระวรสารตามหมู่บ้านต่างๆ โดยรอบจังหวัดอยุธยา โดยมีคุณพ่อการิเอ เป็นปลัดผู้ช่วย ในเดือนเมษายน  ค.ศ. 1903  ต่อมาในเดือนสิงหาคมปีเดียวกัน  คุณพ่อการิเอ  ถูกเรียกไปรับตำแหน่งผู้ช่วยเจ้าอาวาสที่แปดริ้ว  ในปี ค.ศ. 1904  คุณพ่อตาปี  ได้มาเป็นพ่อปลัด จนถึงปี ค.ศ. 1905  ก็ย้ายไปเป็นเจ้าอาวาสวัดสองพี่น้อง  ดังนั้น  คุณพ่อ แบส์แรส์ต  จึงต้องทำงานหนักคนเดียว  พระสังฆราช เวย์      เขียนบันทึกในรายงานประจำปี ค.ศ. 1901 ว่า  
 
“คุณพ่อ แบส์แรส์ต  เขียนรายงานจากอยุธยาว่า  ที่อยุธยา  กลุ่มคริสตังค่อนข้างจะคงที่  ไม่ลดลง  ไม่ก้าวหน้า  ในเขตวัดไม่มีอะไรเปลี่ยนแปลงนัก  ในวันฉลองต่างๆ นั้น  ผมมีแต่ความยินดีที่เห็นสัตบุรุษจำนวนมากมาแก้บาปรับศีล อย่างไรก็ดี ไม่สู้มีหวังจะมีคนกลับใจในเขตเมือง ในทางตรง  กันข้ามที่ดอนพุด  ผมเชื่อว่าจะมีคริสตังเพิ่มจำนวนมากขึ้น  ในปัจจุบันมีถึง  20  คนแล้ว   กลุ่มนี้แม้จะตั้งขึ้นใหม่  แต่ก็ประสบอุปสรรคมาแล้วหลายประการ  มีเรื่องน่าเสียดายเกิดขึ้น  เนื่องจากเขาเอาชื่อคนแปลคำสอนคนหนึ่ง  เข้าไปเกี่ยวข้องในเรื่องไม่ดีเรื่องหนึ่ง  ซึ่งคนแปลคำสอนผู้นี้ไม่รู้เรื่องอะไรเลย  และก่อให้เกิดความเสียหายอย่างหนักแก่กลุ่มคริสตชนกลุ่มนี้ คนแปลคำสอนผู้นี้เป็นผู้บริสุทธิ์ แต่เป็น คนซื่อ  ขาดไหวพริบ  เมื่อถูกกล่าวหา บรรดาผู้ตัดสินซึ่งเป็นปฏิปักษ์ต่อเขา  ลงโทษเขาเกินเหตุ  ทำให้คนต่างศาสนาเชื่อว่าเขาได้ผิดจริง  จึงเป็นเรื่องที่ทำให้พระศาสนาเสื่อมเสีย  บ้านขุม เป็นกลุ่มคริสตชนกลุ่มเล็กๆ ที่อยู่ห่างจากอยุธยา 3 หลัก  สัตบุรุษปฏิบัติหน้าที่คริสตังเท่าที่จะทำได้  ทั้งๆที่อยู่ห่างจากวัด”
 
พระสังฆราช เวย์  ยังเขียนรายงานเกี่ยวกับวัดอยุธยาไว้ในรายงานประจำปี ค.ศ. 1903 อีกดัง ต่อไปนี้คือ  “กลุ่มคริสตชนที่อยุธยา  (วัดอยุธยา)  รวมทั้งกลุ่มคริสตชนย่อยอีกหลายกลุ่ม  อันได้แก่  ที่ดอนพุด ในจังหวัดพระพุทธบาท  ที่แก่งคอยในจังหวัดสระบุรี  ที่บ้านขุน  บ้านกระดี่  บ้านกระทิง  ในจังหวัดอยุธยาเอง  อาณาเขตเหล่านี้  คุณพ่อแบส์แรส์ต  เป็นผู้ดูแล  จำนวนคริสตังมีถึง 1,100 คน”
 
ในปี ค.ศ. 1906  คุณพ่อแบส์แรส์ต  พ้นจากการเป็นเจ้าอาวาสวัดอยุธยา  และวันที่ 18 สิงหาคม ค.ศ. 1906  ได้เดินทางไปอยู่ที่บ้านนาซาแรท  ที่ฮ่องกง
 
คุณพ่อ ดาวิด  (DAVID)  เจ้าอาวาสองค์ที่ 9  (ค.ศ. 1906)
คุณพ่อ ดาวิด  เป็นเจ้าอาวาสวัดเกาะใหญ่  พระสังฆราชเวย์  แต่งตั้งท่านให้เป็นเจ้าอาวาสวัดนักบุญยอแซฟ อยุธยา อีกวัดหนึ่ง ถนนหนทางในสมัยนั้นยังไม่มี  การคมนาคมมีทางเดียว คือโดยสารเรือแจวไปตามแม่น้ำลำคลอง
 
คุณพ่อกาลังซ์  ซึ่งได้เรียนภาษาญวนที่สามเสน  ได้มาเป็นผู้ช่วยเจ้าอาวาสที่วัดนี้  คุณพ่อกาลังซ์  ได้เริ่มงานอภิบาลด้วยใจร้อนรน   พวกคริสตังเองก็ใจศรัทธาและร้อนรนพอกัน  ท่านทำงานประสพผลสำเร็จอย่างดี  โดยเฉพาะอย่างยิ่ง  ท่านมีความสนใจเป็นพิเศษเกี่ยวกับประวัติของท้องถิ่น  และภูมิประเทศทางภาคตะวันออกไกล
 
คุณพ่อ แบลล์   (BAYLE)   เจ้าอาวาสองค์ที่ 10  (ค.ศ. 1907)
ในปี ค.ศ. 1907   คุณพ่อแบลล์  ได้รับแต่งตั้งเป็นเจ้าอาวาส  มีคุณพ่อดอมินิก  เป็นผู้ช่วย  จนถึงปี ค.ศ. 1908   คุณพ่อแบลล์  ได้ย้ายไปอยู่ที่โคราช
 
คุณพ่อ บรัวซาต์   เจ้าอาวาสองค์ที่ 11  (ค.ศ. 1908-1910)
คุณพ่อบรัวซาต์   ได้รับแต่งตั้งเป็นเจ้าอาวาสในปี ค.ศ. 1908  จนถึงปี ค.ศ. 1910  โดยมีคุณพ่อ บอนิฟาส  เป็นผู้ช่วย  ในปี ค.ศ. 1910  คุณพ่อบรัวซาต์ ได้ย้ายไปเป็นเจ้าอาวาสวัดบ้านปลายนา  แทนคุณพ่อดาวิด   ซึ่งย้ายไปเป็นเจ้าอาวาสวัดเกาะใหญ่  จากเกาะใหญ่  คุณพ่อดาวิด  มาช่วยอภิบาลคริสตังที่วัดอยุธยานานๆ ครั้ง
 
คุณพ่อ อันตน  (ตาน โชติผล)  เจ้าอาวาสองค์ที่ 12  (ค.ศ. 1911-1914)
คุณพ่ออันตน  ได้รับแต่งตั้งเป็นเจ้าอาวาสสืบต่อจากคุณพ่อ บรัวซาต์  ต่อมาในเดือนสิงหาคม  ค.ศ. 1914  เกิดสงครามโลกครั้งที่สอง  คุณพ่อบรัวซาต์ และคุณพ่อดาวิด  ต้องเดินทางไปฝรั่งเศส    คุณพ่ออันตน  จึงย้ายไปเป็นเจ้าอาวาสวัดบ้านปลายนา  วัดเจ้าเจ็ด  และวัดเกาะใหญ่
 
คุณพ่อ ยาโกเบ แจง เกิดสว่าง  เจ้าอาวาสองค์ที่ 13  (ค.ศ. 1914-1915)
 
คุณพ่อ ซีมอน  เว้  ศรีประมงค์   เจ้าอาวาสองค์ที่ 14  (ค.ศ. 1915-1916)
 
คุณพ่อ บอนิฟาส  เจ้าอาวาสองค์ที่ 15  (ค.ศ. 1916)
 
คุณพ่อ แฟร์เลย์   เจ้าอาวาสองค์ที่ 16  (ค.ศ. 1917-1919)
 
คุณพ่อ เกลเมนเต แฉล้ม พานิชเกษม   เจ้าอาวาสองค์ที่ 17  (ค.ศ. 1919-1921)
 
คุณพ่อ เกลเมนเต  ได้รับแต่งตั้งเป็นเจ้าอาวาสในปี  ค.ศ. 1919  ในเวลาเดียวกันก็เป็นเจ้าอาวาสวัดบ้านแป้งด้วย  ในรายงานประจำปี  ค.ศ. 1921   พระสังฆราชแปร์รอส  บันทึกไว้ว่า
 
“ทางเหนือวัดอยุธยา และวัดบ้านแป้ง  ซึ่งปีที่แล้วแต่ละวัดมีมิชชันนารีประจำอยู่  ก็ต้องให้อยู่ในการดูแลของพระสงฆ์พื้นเมืองเพียงองค์เดียว จำนวนคนแก้บาปรับศีลมหาสนิทลดน้อยลงอย่างที่คาดการณ์ ไว้แล้ว”
 
คุณพ่อ เอดัวรด์  ถัง นำลาภ   เจ้าอาวาสองค์ที่  18  (ค.ศ. 1922-1923)
 
คุณพ่อ ซีมอน  เว้  ศรีประมงค์   เจ้าอาวาส(สมัยที่สอง)องค์ที่ 19  (ค.ศ. 1923-1926)
 
คุณพ่อ ดานิแอล  เจ้าอาวาสองที่  20  (ค.ศ. 1926-1929)
 
คุณพ่อ อันเดร พลอย โรจนเสน   เจ้าอาวาสองค์ที่ 21  (ค.ศ. 1930-1933)
 
ในสมัยที่คุณพ่อ อันเดร พลอย  เป็นเจ้าอาวาส  ได้มีพระสงฆ์บางองค์ไปเที่ยวและเยี่ยมชมวัดอยุธยา  และได้โปรดศีลล้างบาปด้วย  ได้แก่  คุณพ่อเฮนรี,  คุณพ่อนิโกเลา,  คุณพ่อแบร์นาร์ด  และคุณพ่อนอแอล  เป็นต้น
 
คุณพ่อ มาร์แซล จงสวัสดิ์ อารีอร่าม   เจ้าอาวาสองค์ที่ 22  (ค.ศ. 1933-1942)
 
คุณพ่อ เอากุสติโน สำอาง ดำรงธรรม   เจ้าอาวาสองค์ที่ 23  (ค.ศ. 1942-1945)
 
คุณพ่อ ปิโอ ถัง ลำเจริญพร   เจ้าอาวาสองค์ที่ 24  (ค.ศ. 1945-1948)
 
คุณพ่อเฮนรี สุนทร วิเศษรัตน์  เจ้าอาวาสองค์ที่ 25  (ค.ศ. 1948-1970)
 
คุณพ่อ เฮนรี มาเป็นเจ้าอาวาสวัดอยุธยาตั้งแต่เดือนกุมภาพันธ์ ค.ศ. 1948 จนถึงเดือนพฤศจิกายน ค.ศ. 1970  เป็นเวลาถึง 22 ปี  เมื่อคุณพ่อเฮนรี สังเกตว่า  กำแพงวัดด้านยาวทั้งสองด้านกำลังชำรุดมากขึ้นทุกที  หากไม่จัดการซ่อมแซมเสียก่อน  ในไม่ช้าจะต้องพังลงมาแน่นอน  ท่านจึงแจ้งให้พระสังฆราชโชแรงทราบ  พระคุณเจ้าได้ส่งวิศวกรจากกรุงเทพฯ มาดู  และพิจารณาว่าจะซ่อมแซมได้อย่างไร  รวมทั้งประเมินค่าใช้จ่ายในการซ่อมแซมทั้งหมด  ตอนแรกวิศวกรแจ้งว่า  เขาจะต้องตั้งเครื่องเหล็กและไม้  เพื่อรับน้ำหนักของเพดานและหลังคาก่อน  แล้วจึงรื้อกำแพงทั้งหมด  สร้างกำแพงใหม่ให้แข็งแรง  เป็นคอนกรีต  วัดจึงจะอยู่ได้  แต่ต้องเสียค่าใช้จ่ายเป็นเงินล้าน  พระคุณเจ้าจึงคิดว่าถ้ารื้อวัดทั้งหมด  และสร้างใหม่จะเสียค่าใช้จ่ายถูกกว่า  นอกจาก 2 วิธีนี้  ไม่มีวิธีอื่นใดอีกหรือ  ในที่สุด ได้ตกลงว่า จะเอาเหล็กเส้นหนาๆ  ตั้งยึดกำแพงไว้เป็นระยะๆ  และก่อสร้างอิฐหรือคอนกรีตข้างนอก  ตรงต้นเสา 2 ต้น  ซึ่งรับน้ำหนักและต้านทานน้ำหนัก  และกำลังแรงดันของเสาและกำแพง
 
ในเดือนเมษายน ค.ศ. 1969  ได้จัดฉลอง 300 ปี  ของกลุ่มคริสตชนอยุธยา  พระสังฆราชแปร์รอส ได้เขียนบันทึกในรายงานประจำปี ค.ศ. 1969  ไว้ว่าดังนี้
 
“เดือนเมษายน ค.ศ. 1969  มีการฉลองครบรอบ 300 ปีของวัดที่อยุธยา  เมืองหลวงเก่าของสยามวัดนี้อยู่ในความปกครองของอัครสังฆมณฑลกรุงเทพฯ  พระสังฆราช ยวง  จึงมอบหมายให้สมาคมคาทอลิกจัดงานฉลองนี้  แต่มีการเลื่อนวันฉลองโดยมิได้มีการประกาศให้ทราบล่วงหน้า  ทำให้ไม่ค่อยมีใครทราบถึงงานฉลองวันนี้  มีพระสังฆราช  พระสงฆ์  และสัตบุรุษมาร่วมในพิธีเป็นจำนวนน้อย  พระสันตะปาปาได้ทรงส่งสารมาแสดงความยินดีในโอกาสนี้  และสมาคมคาทอลิกได้จัดพิมพ์หนังสืออนุสรณ์ กล่าวถึงความเป็นมาของวัดนี้ ซึ่งเป็นวัดแรกของคณะมิสซังต่างประเทศแห่งกรุงปารีส  (M.E.P.) ในภาคตะวันออกไกล และงานทุกอย่างที่คณะได้ทำในประเทศไทยนับตั้งแต่วันแรก  (C.R.ค.ศ. 1969)” 
 
ก่อนวันฉลองปีนี้  พระสังฆราชยวง  นิตโย  ได้กรุณามอบเงินให้คุณพ่อ เฮนรี่  เป็นค่าใช้จ่ายในการเปลี่ยนหลังคาวัดใหม่  โดยใช้กระเบื้องลอนคู่  แทนหลังคาปูน
 
คุณพ่อ  ชัชวาล  แสงแก้ว  เจ้าอาวาสองค์ที่ 26  (ค.ศ. 1970-1971)
 
คุณพ่อ เรอเน  บริสซอง   เจ้าอาวาสองค์ที่ 27  (ค.ศ. 1972)
 
คุณพ่อ  บัญชา  ศรีประมงค์   เจ้าอาวาสองค์ที่ 28  (ค.ศ. 1972-1977)
 
ในสมัยคุณพ่อ บัญชา ศรีประมงค์  เป็นเจ้าอาวาส ได้ทำลูกกรงเหล็กป้องกันกระจกไม่ให้เสียหายมากขึ้น  ที่บริเวณหน้าวัด  ร้านปืนอำนาจก็ได้ทำบุญสร้างถ้ำแม่พระใหญ่
 
คุณพ่อ วิศิษฏ์  หริพงศ์   เจ้าอาวาสองค์ที่ 29  (ค.ศ. 1977-1979)
 
ในสมัยคุณพ่อ วิศิษฏ์  หริพงศ์  เป็นเจ้าอาวาส  ได้ตกแต่งทาสีภายในวัดให้สวยงาม  ได้เอาเสาที่เกะกะในวัดออกด้วย
 
คุณพ่อ ประสาร คูรัตนสุวรรณ   เจ้าอาวาสองค์ที่ 30  (ค.ศ. 1979-1981)
ในสมัยคุณพ่อ ประสาร คูรัตนสุวรรณ  เป็นเจ้าอาวาส  ได้เทซีเมนต์พื้นวัดที่ทรุด  และปูหินอ่อนให้เรียบ  พร้อมกับปรับปรุงบริเวณพระแท่นให้สวยงามขึ้น
 
คุณพ่อ สุรชัย กิจสวัสดิ์   เจ้าอาวาสองค์ที่ 31  (ค.ศ. 1981-1985)
ในสมัยคุณพ่อ สุรชัย กิจสวัสดิ์  ได้จัดฉลอง  100  ปีของวัดนักบุญยอแซฟวัดหลังปัจจุบัน  และจัดที่อยู่ให้แก่สัตบุรุษในที่ว่างเปล่าบริเวณวัด
 
คุณพ่อ ธีรวัฒน์ เสนางค์นารถ   เจ้าอาวาสองค์ที่ 32  (ค.ศ. 1985-1989)
ในสมัยคุณพ่อ ธีรวัฒน์ เสนางค์นารถ  ปรับปรุงสักการสถานหมู่บ้านโปรตุเกสเป็นแหล่งเที่ยวชม  ประสานกับกรมศิลปากรเป็นผู้จัดสร้าง
 
คุณพ่อ ไพริน เกิดสมุทร   เจ้าอาวาสองค์ที่ 33  (ค.ศ. 1989-1994)
ในสมัยคุณพ่อ ไพริน เกิดสมุทร  จัดวางรากฐานการก่อสร้างพร้อมเปลี่ยนชื่อ “โรงเรียนราษฎร์สงเคราะห์”  เป็น  “โรงเรียนยอแซฟอยุธยา”
 
 
คุณพ่อ ธนันชัย  กิจสมัคร   เจ้าอาวาสองค์ที่ 34  (ค.ศ. 1994-1999)
ในสมัยคุณพ่อธนันชัย กิจสมัคร เปิดและเสกอาคารเรียนใหม่ “โรงเรียนยอแซฟอยุธยา”   จัดระบบเสียงในวัดนักบุญยอแซฟ อยุธยา  ใหม่ทั้งหมด  สำรวจรากฐาน-สุสานในวัด และดำเนินการขุดกระดูกของบรรดาประมุขมิสซัง และมิชชันนารี  ซึ่งฝังอยู่ภายใต้พระแท่นของวัด โดยให้บริษัทมรดกโลกเป็นผู้ดำเนินการขุดเชิงอนุรักษ์และเชิงวิชาการ ในปี ค.ศ. 1998  เริ่มต้อนการศึกษาค้นคว้าและออกแบบเพื่อการบูรณะวัด
 
คุณพ่อ สมพร เส็งเจริญ   เจ้าอาวาสวัดองค์ที่ 35  (ค.ศ. 1999-2004)
ในสมัยคุณพ่อ สมพร เส็งเจริญ  ได้ปรับปรุงบริเวณวัด  เพื่อจัดเป็นวัดแสวงบุญของเขต 6  อัครสังฆมณฑลกรุงเทพฯ และเป็นจุดศูนย์กลางของกิจกรรมต่างๆ  ในทางด้านโรงเรียน  ปรับปรุงอาคารและบริเวณต่างๆ ให้เหมาะสม  และเพื่อรองรับจำนวนนักเรียนที่เพิ่มขึ้น  คุณพ่อยังได้เริ่มต้นการบูรณะวัดในปี ค.ศ. 2003  และสำเร็จเสร็จสิ้นในปี ค.ศ. 2004  ในวันที่ 20 มีนาคม ค.ศ. 2004  อัครสังฆมณฑลกรุงเทพฯ ได้จัดให้มีการเสกวัดอีกครั้งหนึ่ง  และจัดเตรียมสถานที่บรรจุศพของพระสังฆราช ปีแอร์ ลังแบรต์ เดอ ลาม็อต  และพระสังฆราช หลุยส์ ลาโน  ไว้ภายในวัด  ส่วนที่เหลือทั้งหมด  คือพระสังฆราชอีก 6 องค์  รวมทั้งบรรดามิชชันนารีอีก 23 องค์  ได้รับการย้ายไปบรรจุในสุสานของวัด
 
วันที่ 1 กุมภาพันธ์ ค.ศ. 2012 วัดนักบุญยอแซฟ อยุธยา ได้รับงบประมาณสำหรับบูรณะซ่อมแซมศาสนสถานประจำปีงบประมาณ 2555 จำนวน 9,380,000.00 บาท (เก้าล้านสามแสนแปดหมื่นบาท) กรณีประสบอุทกภัย ปี 2554  ได้ดำเนินการบูรณะซ่อมแซมศาสนสถาน ดังนี้
1. ซ่อมลานบล็อกประดับทางเดินรอบวัด
2. ซ่อมแซมประตูเหล็กทางเข้าวัด
3. ปรับปรุงป้ายชื่อวัดริมแม่น้ำเจ้าพระยา
4. ซ่อมแซมห้องซักรีดสำนักงานวัด
5. ซ่อมแซมครุภัณฑ์สำนักงานวัด
6. ซ่อมแซมปั้มสูบน้ำ
7. ซ่อมแซมศาลาท่าน้ำ
8. ซ่อมแซมประตูบ้านพัก
9. ซ่อมแซมห้องสุขารวม
10. ปรับภูมิทัศน์โดยรอบสุสาน
11. ปรับภูมิทัศน์โดยรอบวัด
12. ซ่อมแซมแนวกำแพง
13. ซ่อมแซมทางเดินโดยรอบ
14. ซ่อมแซมริมตลิ่งคันกั้นน้ำหน้าวัดริมแม่น้ำเจ้าพระยา
 
วันที่ 6 สิงหาคม ค.ศ. 2012 สำนักงานสาธารณสุขจังหวัดพระนครศรีอยุธยา ได้คัดเลือกให้วัดนักบุญยอแซฟ อยุธยา ได้รับโล่เกียรติคุณ วัดส่งเสริมสุขภาพดีเด่น ระดับเขต 
 
วันที่ 20 มีนาคม ค.ศ. 2013 แนวคันดินหน้าวัดเริ่มทรุดตัวและพังทลายลง
 
วันที่ 23 พฤศจิกายน ค.ศ. 2013 อัครสังฆมณฑลกรุงเทพฯ จัดงานปิดปีแห่งความเชื่อ ณ วัดนักบุญยอแซฟ อยุธยา โดยพระคาร์ดินัล ไมเกิ้ล มีชัย กิจบุญชู เป็นประธาน ร่วมด้วย พระอัครสังฆราชพอล ชาง อิน-นัม ฯพณฯ เอกอัครสมณทูตวาติกันประจำประเทศไทย, มงชินญอร์ เจอร์มาโน เปเนโมเต้ ที่ปรึกษา และพระสังฆราชกิตติคุณยอแซฟ สังวาลย์ ศุระศรางค์ พระสงฆ์ นักบวชชายหญิง และพี่น้องสัตบุรุษ มีพิธีเสกและเปิดสวนแห่งความเชื่อด้วย
 
คุณพ่ออนุศักดิ์   กิจบำรุง         เจ้าอาวาสองค์ที่ 36  (ค.ศ. 2004-2006)
 
คุณพ่อธีระ     กิจบำรุง             เจ้าอาวาสองค์ที่ 37  (ค.ศ. 2006-2011)
 
คุณพ่อวิชา    หิรัญญการ         เจ้าอาวาสองค์ที่ 38 (ค.ศ. 2011- 2013)
 
คุณพ่อยอดชาย เล็กประเสริฐ  เจ้าอาวาสองค์ที่ 39 (ค.ศ. 2013-2014)
 
คุณพ่อทวีศักดิ์ กิจเจริญ        เจ้าอาวาสองค์ที่ 40 (ค.ศ. 2014-ปัจจุบัน)